Có thể thấy rõ nhất, ưu thế mà chương trình tài năng mang lại đó là sinh viên được học trong môi trường sĩ số ít, giảng viên, chuyên gia đầu ngành phụ trách giảng dạy, chương trình chọn lọc, được cấp miễn phí sách vở, tài liệu, đặc biệt là học bổng hàng tháng…TS Lê Chí Thông, Trưởng phòng đào tạo Trường ĐH Bách Khoa nhận xét:
Bạn Lê Văn Hiếu, sinh viên năm 3 chương trình tài năng ngành Tài chính ngân hàng, trường ĐH Kinh Tế Luật cho rằng, với điều kiện học tập được ưu tiên như vậy, rất mong ra trường sẽ có cơ hội việc làm cao hơn so với chương trình đại trà:
Trên thực tế, vấn đề sử dụng những nhân tài này vẫn còn nhiều vấn đề phải bàn cãi khi các sinh viên thuộc hệ đào tạo này chưa chứng minh được "tài năng" của mình trong thị trường lao động cũng như trong môi trường nghiên cứu, học thuật. Mỗi năm, số sinh viên tốt nghiệp được giữ lại trường chỉ đếm trên đầu ngón tay, số khác làm việc không đúng chuyên ngành và một bộ phận không biết đi đâu về đâu.
Trong số 10 sinh viên tốt nghiệp chương trình đào tạo cử nhân tài năng khoá đầu tiên vào năm 2005 của khoa Văn học và Ngôn ngữ, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, chỉ có 2 người được giữ lại khoa làm công tác giảng dạy và nghiên cứu. Gần nhất, một sinh viên chương trình này được giữ lại khoa tốt nghiệp cách đây 2 năm. Còn lại, sinh viên tự tìm kiếm công việc bên ngoài. Lê Thị Thanh Vy, một trong hai người được giữ lại khoa chia sẻ, do học chương trình về văn học nên các sinh viên cũng không có điều kiện được trang bị những kỹ năng khác biệt so với sinh viên đại trà, chính vì thế ra trường tìm việc cũng gặp nhiều khó khăn. Để tìm được việc, với kiến thức nền sẵn có, còn lại họ phải tự bơi:
Có thể thấy, hầu hết sinh viên đều mong muốn ra trường tìm được việc làm phù hợp. Nhưng hiện nhiều sinh viên từ chương trình đào tạo cử nhân tài năng tốt nghiệp làm trái ngành. Trong khi đó, theo thống kê, không ít sinh viên các ngành khoa học cơ bản có khuynh hướng săn các học bổng từ nước ngoài chiếm tỷ lệ khá cao, gây tình trạng lãng phí ngân sách nhà nước, bởi sinh viên hệ tài năng không bị ràng buộc bởi cam kết phải phục vụ trong các cơ sở nhà nước sau khi tốt nghiệp. Trong khi đó, mục tiêu ban đầu của đề án là kỹ sư, cử nhân tài năng phải cho ra lò những sản phẩm chất lượng cao nhằm cung ứng cho nguồn nhân lực giảng dạy tại các trường, hay làm đúng công tác nghiên cứu khoa học ngành nghề mà mình đã được học.
Có lẽ nhìn thấy thực trạng đó, cộng với việc khó khăn về kinh phí đào tạo trong vài năm gần đây, ĐHQG TP.HCM đã cho tạm dừng Đề án đào tạo kỹ sư, cử nhân tài năng trong năm 2012, trừ trường ĐH Bách Khoa vẫn tiếp tục duy trì chương trình đào tạo bằng nguồn kinh phí của trường. TS Nguyễn Quốc Chính, Trưởng ban ĐH và sau ĐH, ĐHQG TP.HCM cho hay, trước đây đề án có hai giai đoạn 2002 - 2006 và 2007 - 2011. Đến năm 2012, đề án đã tạm hoãn bởi những người thực hiện muốn đánh giá một cách toàn diện hiệu quả của chương trình, đồng thời có những thay đổi theo hướng tích cực và hiệu quả hơn, trên cơ sở khắc phục những thiếu sót của đề án cũ. Cụ thể, những chỉ tiêu quy định về chính sách đào tạo chưa cụ thể, gây khó khăn cho việc đánh giá hiệu quả chất lượng của mỗi chương trình. Thêm nữa, các trường chưa có sự chọn lọc các chương trình trọng tâm để đầu tư dẫn đến số lượng nhiều, đầu tư dàn trải khiến kinh phí của ĐHQG không thể kham nổi.
Chính vì thế, năm 2013, ĐHQG TP.HCM đã thông qua đề án Đào tạo kỹ sư, cử nhân tài năng giai đoạn 2013 - 2017 theo hướng gọn nhẹ hơn, kinh phí đầu tư được tính toán kỹ lưỡng hơn. Theo đó, sẽ có 10 chương trình được lựa chọn đầu tư kinh phí, ĐHQG TP.HCM sẽ hỗ trợ cho người học từ 10 - 12 triệu/năm. TS Nguyễn Quốc Chính cho biết thêm:
Với các yêu cầu bắt buộc về chương trình đào tạo, chuẩn đầu ra của ĐHQG TP.HCM, đã buộc các trường phải rà soát lại, cân nhắc lựa chọn chương trình, giúp cho việc đào tạo có hiệu quả hơn. Trường ĐH Bách Khoa năm nay lựa chọn 3 trong số 11 chương trình tài năng của trường được ĐHQG TP.HCM cấp kinh phí, các chương trình còn lại nếu được duyệt sẽ thực hiện bằng nguồn kinh phí riêng của trường. Trong khi đó, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên chỉ trình 2 chương trình là Công nghệ thông tin và Hoá học thay cho 5 chương trình đào tạo tài năng trước đây, TS Trần Lê Quan, Hiệu trưởng nhà trường cho hay:
Tương tự, trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn cũng đề xuất 2 thay vì 4 chương trình cử nhân tài năng như trước, cụ thể là văn học và lịch sử. Trường ĐH Công nghệ Thông tin giữ nguyên 2 chương trình. Điều đáng nói là bên cạnh việc giảm quy mô chương trình đào tạo tài năng, ĐHQG tăng cường sự chia sẻ về kinh phí đào tạo từ các trường thành viên.
Với những đổi mới từ đề án, nếu chương trình hiệu quả, đề án 5 năm sẽ được tiếp tục, tránh gãy gánh giữa đường. Hy vọng, sau hơn 10 năm thực hiện, với sự điều chỉnh trong quy mô, mục tiêu đào tạo, việc sử dụng nhân tài sẽ được các trường quản lý chặt chẽ hơn, tránh lãng phí nguồn nhân lực cũng như tài lực của đất nước.
