Chương trình được Thanh tra Chính phủ và các nhà tài trợ là Đan Mạch, Hà Lan, Thụy Điển ký thoả thuận vào năm 2009, dự kiến kéo dài đến 2014 với số vốn tài trợ cam kết là 11 triệu 700 ngàn USD.
Mục tiêu của Chương trình nhằm xây dựng ngành thanh tra trong sạch, vững mạnh, từng bước chuyên nghiệp, hiện đại và có đủ năng lực thực hiện tốt nhiệm vụ được giao. Năm 2012, Chương trình giải ngân khoảng 58 tỷ đồng tổ chức các hội nghị tập huấn, các chuyến khảo sát, tham quan học tập kinh nghiệm phòng chống tham nhũng, hành chính công cho đội ngũ cán bộ toàn ngành. Qua đó góp phần tăng cường năng lực tổng thể của ngành trong công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại tố cáo và phòng chống tham nhũng.
Năm 2013, Chương trình tập trung hỗ trợ tăng cường năng lực cho ngành thông qua việc tuyển dụng cán bộ chất lượng cao; tiếp tục tổ chức các hoạt động tập huấn, đào tạo nghiệp vụ và tổ chức các chuyến tham quan, học tập kinh nghiệm của nước ngoài cho các cán bộ ngành thanh tra.
