Theo tờ trình của Chính phủ, trong quá trình phát triển, Thành phố Hồ Chí Minh vẫn chưa phát huy hết tiềm năng của mình do nhiều nguyên nhân, trong đó có nguyên nhân là mô hình tổ chức chính quyền địa phương chưa phù hợp với đặc điểm, tính chất của một đô thị loại đặc biệt.
Bên cạnh đó, đánh giá tổng kết hơn 6 năm thực hiện thí điểm không tổ chức Hội đồng nhân dân huyện, quận, phường tại Thành phố Hồ Chí Minh đã cho thấy nhiều kết quả tích cực như: thực hiện tinh gọn bộ máy, giảm tầng nấc trung gian, tiết kiệm ngân sách... Ngoài ra, đổi mới tổ chức và hoạt động của chính quyền địa phương ở đô thị, nông thôn và hải đảo là nhiệm vụ quan trọng, luôn được Đảng và Nhà nước quan tâm chỉ đạo, nhiều Nghị quyết đã được ban hành và thực hiện hiệu quả.
Xuất phát từ cơ sở thực tiễn, cơ sở chính trị và căn cứ pháp lý nêu trên, việc ban hành Nghị quyết của Quốc hội về tổ chức chính quyền đô thị tại Thành phố Hồ Chí Minh là cần thiết. Dự thảo Nghị quyết gồm 12 điều, quy định việc tổ chức chính quyền đô thị tại Thành phố Hồ Chí Minh; nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân, Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh; cơ cấu tổ chức, chế độ làm việc của Ủy ban nhân dân quận; nhiệm vụ, quyền hạn của Chủ tịch Ủy ban nhân dân quận...
Theo ông Lê Thanh Liêm, Phó Chủ tịch Thường trực UBND TPHCM, kết quả thực hiện chính quyền đô thị của TP Hồ Chí Minh sẽ góp phần cung cấp thêm các cơ sở thực tiễn để hoàn thiện chủ trương pháp lý để xây dựng và nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của hệ thống chính trị nói chung và chính quyền nói riêng: "Bên cạnh mục tiêu tinh gọn, đổi mới mạnh mẽ và hoạt động của bộ máy chính quyền đô thị thì đáp ứng được yêu cầu phát triển nhanh và bền vững của Thành phố Hồ Chí Minh. NQ của Quốc hội ban hành sẽ có tác động tích cực đối với phát triển kinh tế xã hội của thành phố. Quyết định quản lý hành chính của chính quyền sẽ được triển khai hành chính đến chính quyền cơ sở, đến tận người dân, doanh nghiệp và chính xác, được thi hành kịp thời, đồng bộ, nâng cao tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của bộ máy chính quyền đô thị, nâng cao chất lượng cũng như hiệu quả cung ứng dịch vụ công cụ hợp với đặc điểm, tính chất của một đô thị đặc biệt lớn nhất nước".
Thẩm tra dự thảo Nghị quyết này, Ủy ban Pháp luật của Quốc hội cho rằng: trong bối cảnh tổ chức chính quyền đô thị, không tổ chức HĐND quận, phường thì việc kiện toàn tổ chức đổi mới phương thức hoạt động để nâng cao hiệu lực hiệu quả của HĐND thành phố Hồ Chí Minh là cần thiết. Tuy nhiên dự thảo Nghị quyết chỉ bổ sung thẩm quyền, nhiệm vụ, quyền hạn của HĐND thành phố mà chưa có quy định để đảm bảo điều kiện cho việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan này. Vì vậy Chính phủ cần nghiên cứu kỹ hơn vấn đề đổi mới tổ chức và hoạt động của HĐND thành phố để nâng cao hiệu lực, hiệu quả, bảo đảm thực hiện tốt chức năng đại diện của người dân.
Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Hoàng Thanh Tùng cho rằng: "Cũng phải nghiên cứu để đổi mới phương thức hoạt động của Hội đồng nhân dân, tăng thêm kỳ đổi mới cơ cấu tổ chức của Hội đồng nhân dân thành phố nữa, tăng thêm số lượng đại biểu tăng thêm đại biểu chuyên trách, đổi mới phương thức hoạt động để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Bởi vì trong bối cảnh chúng ta không có Hội đồng nhân dân quận, phường ấy thì rõ ràng vai trò, vị trí và trách nhiệm của Hội đồng nhân dân thành phố nó khác hẳn và và có thể không tăng số lượng đại biểu của Hội đồng nói chung. Nhưng đại biểu chuyên trách thì cũng có thể nghiên cứu cần phải tăng để có thêm cái lợi cho việc thực hiện những chức năng đại diện thay mặt cho cử tri để đảm bảo quyền đại diện của của của người dân ở các đơn vị hành chính cấp thấp hơn thành phố".
Lý giải nguyên nhân trong cùng một thời điểm có 3 Nghị quyết của Quốc hội quy định về tổ chức chính quyền đô thị ở Hà Nội, Đà Nẵng và Thành phố Hồ Chí Minh, trong đó 2 địa phương thì thực hiện thí điểm và 1 địa phương không thí điểm mà thực hiện ngay, Thứ trưởng Bộ Nội vụ Trần Anh Tuấn cho biết: "Luật tổ chức chính quyền địa phương chưa sửa đổi, còn khi đề án này được xây dựng bởi chính quyền đô thị tại TP Hồ Chí Minh lại khi Luật tổ chức chính quyền địa phương đã được sửa đổi. Vậy cho nên không có cái từ thí điểm và Chính phủ đã thảo luận rất nhiều và Bộ Nội vụ chúng tôi cũng đã cùng với Bộ Tư pháp là báo cáo rất đầy đủ.
Đáng chú ý về nhiệm vụ, quyền hạn của chính quyền thành phố thuộc thành phố Hồ Chí Minh, thì việc quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của chính quyền thành phố thuộc thành phố Hồ Chí Minh là phù hợp, tạo cơ sở pháp lý để xem xét áp dụng khi thành phố được cấp có thẩm quyền thành lập các thành phố trực thuộc.
Tuy nhiên có ý kiến đề nghị Chính phủ nghiên cứu bổ sung những quy định mới về nhiệm vụ, quyền hạn của chính quyền thành phố thuộc thành phố Hồ Chí Minh để tạo cho thành phố trực thuộc này những cơ chế vượt trội, khác với chính quyền ở các quận hiện nay để hướng tới thành lập một đô thị hiện đại, đóng vai trò là hạt nhân phát triển, trung tâm kinh tế mới của thành phố Hồ Chí Minh.
