Hội thảo đã xác định vai trò, vị trí và tầm quan trọng của công tác nghiên cứu khoa học xã hội trong đời sống hiện nay. Tuy nhiên, bên cạnh đó vẫn có những tồn tại nhất định, tạo lực cản trong nghiên cứu khoa học xã hội hiện nay như: các đề tài nghiên cứu thiếu tính phong phú, chỉ trình bày những vấn đề “kinh điển” và thiếu tính sáng tạo; ngành xã hội học nặng về lý thuyết và “sính ngoại”, chưa sát thực với những vấn đề quốc kế dân sinh mà cuộc sống đặt ra; Sử học mang tính chất một chiều.
Một số ý kiến thẳng thắn cho rằng, các đề tài nghiên cứu thời gian qua đều do nhà nước quản lý, cùng với đó, Hội đồng nghiệm thu đề tài thường làm việc theo các mối quan hệ mà thiếu yếu tố khách quan. Chính những điều này đã làm cho các nghiên cứu khoa học mất tính phản biện và khả năng dự báo. Để các nghiên cứu xã hội hội nhập tốt, các đại biểu cũng đề nghị cần xem xét, tạo cơ chế tốt hơn trong công tác nghiên cứu, dám nhìn sự thật và chấp nhận phản biện; đội ngũ cán bộ nghiên cứu khoa học xã hội cũng cần nâng cao năng lực ngoại ngữ để cọ xát với thực tế hiện nay.
