Vào tháng 7/2017, TAND TPHCM mở phiên tòa xét xử sơ thẩm 9 bị cáo trong vụ án này. Tòa đã tuyên phạt các bị cáo về tội “Buôn lậu”, và “Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức”. Tuy nhiên, sau đó VKS cùng cấp đã kháng nghị và đề nghị hủy bản án để điều tra lại theo hướng thay đổi tội danh. TAND TPHCM đã chấp thuận kháng nghị này.
Nguyễn Minh Hùng, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma tại tòa năm 2017.
Theo cáo trạng sau quá trình điều tra lại, đã có 3 bị can khởi tố thêm nâng tổng số bị can trong vụ án lên 12 người gồm: Nguyễn Minh Hùng (sinh năm 1978, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), Võ Mạnh Cường (sinh năm 1978, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Thương mại hàng hải quốc tế H&C), Nguyễn Trí Nhật (sinh năm 1975, nguyên Phó tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), Ngô Anh Quốc (sinh năm 1984, nguyên Phó tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), Phan Cẩm Loan (sinh năm 1973, nguyên Phó trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma), Lê Thị Vũ Phương (sinh năm 1982, nguyên Kế toán Trưởng Công ty VN Pharma), Phan Xuân Thiện (sinh năm 1977, nguyên Phó tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), Bùi Ngọc Duy (sinh năm 1986, nguyên Trưởng phòng Nghiên cứu và phát triển Công ty VN Pharma), Phạm Văn Thông (sinh năm 1954, là dược sĩ, trú tại Phường 15, quận Tân Bình, TPHCM), Phạm Anh Kiệt (sinh năm 1963, nguyên Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Dược Sài Gòn - Sapharco), Hoàng Trúc Vy (sinh năm 1988, nguyên nhân viên Phòng Nghiên cứu và phát triển Công ty VN Pharma), Phạm Quỳnh Trang (sinh năm 1980, nguyên nhân viên Công ty TNHH thương mại hàng hải Quốc tế H&C), bị Viện KSND Tối cao truy tố về cùng tội "Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh" theo quy định tại Điều 157, khoản 4 - Bộ luật Hình sự năm 1999.
3 bị can bị khổi tố thêm gồm: Phan Xuân Thiện, Hoàng Trúc Vy và Phạm Quỳnh Trang,
Theo kết luận, cơ quan điều tra VKSNDTC khẳng định, có đủ căn cứ từ giữa năm 2013 đến ngày 19-9-2014, Nguyễn Minh Hùng thông qua Võ Mạnh Cường cùng với Nhật, Loan, Quốc, Phương, Thiện, Duy, Thông, Kiệt, Vy và Trang đã làm giả các tài liệu, sử dụng các giấy tờ giả, hợp đồng giả, con dấu giả, gồm: Giấy chứng nhận lưu hành tự do (FSC) và Giấy chứng nhận thực hành tốt sản xuất thuốc (GMP) của Canada giả, đóng dấu giả hợp pháp hóa Lãnh sự của Đại sứ quán Việt Nam tại Canada; đóng dấu Công ty Helix Canada giả vào hồ sơ để đề nghị Cục Quản lý dược cấp phép nhập khẩu thuốc; làm giả hợp đồng mua bán, các phụ lục hợp đồng mua bán với Công ty Austin Hong Kong và các chứng từ giả để nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H-Capita 500mg Caplet chữa bệnh ung thư giả vào Việt Nam với mục đích bán kiếm lời.
Căn cứ vào các quy định của pháp luật, VKSNDTC khẳng định, toàn bộ 9.300 hộp thuốc H-Capita giả về nguồn gốc xuất xứ nơi sản xuất; giả về chất lượng (không sử dụng để chữa bệnh cho người). Lô hàng trên trị giá chỉ là 251.100 USD (tương đương hơn 5,3 tỷ đồng), nhưng các bị can đã nâng khống thêm giá mua là 320.850 USD (tương đương hơn 6,8 tỷ đồng). Số tiền nâng giá thuốc (hơn 6,8 tỷ đồng) các bị can thu lời bất chính.
Kết luận khẳng định 12 bị can trong vụ án này đã đồng phạm thực hiện hành vi buôn bán 9.300 hộp thuốc H-Capita giả, gây ra hậu quả đặc biệt nghiêm trọng. Trong đó, Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường giữ vai trò chủ mưu, cầm đầu. 10 bị can còn lại đóng vai trò đồng phạm.
Trong vụ án này, cơ quan chức năng yêu cầu tiếp tục làm rõ các cá nhân, tổ chức liên quan, trong đó có cá nhân ông Nguyễn Tất Đạt (Trưởng phòng Quản lý kinh doanh dược thuộc Cục Quản lý dược) khi đã đánh giá hồ sơ nhập lô thuốc trên đạt yêu cầu. Cùng với đó là một số cán bộ, chuyên gia thuộc Cục Quản lý dược đã không làm hết trách nhiệm, để xảy ra vụ việc trên. Về xử trách nhiệm các cá nhân, tổ chức liên quan, cơ quan điều tra đã tách hồ sơ để tiếp tục làm rõ.
