Theo dự kiến, trong giai đoạn 1, trạm thu phí Cầu Phú Mỹ sẽ triển khai 4 làn thu phí không dừng với mỗi chiều lưu thông gồm 2 làn. Những làn còn lại vẫn triển khai thu phí một dừng như bình thường. Hệ thống thu phí không dừng sẽ liên thông với hệ thống thu phí tự động tại trạm thu phí An Sương – An Lạc, đồng thời sẽ sớm liên thông với các trạm thu phí tự động đã được lắp đặt trên toàn quốc.

Như vậy, để có thể sử dụng, khách hàng chỉ cần mang chứng minh nhân dân hoặc thẻ căn cước đến trạm thu phí cầu Phú Mỹ hoặc bất kỳ trạm đăng kiểm nào trên toàn quốc để mở tài khoản thu phí và dán thẻ đầu cuối Etag. Đến giai đoạn 2, trạm thu phí cầu Phú Mỹ sẽ tiếp tục triển khai thêm 4 làn thu phí tự động. Đến thời điểm này, mọi công tác lắp đặt thi công chuẩn bị cho làn thu phí tự động tại cầu Phú Mỹ đã gần như hoàn thành, để đến 9h ngày 23/3 sẽ thực hiện việc thu phí không dừng.