Vi khuẩn có thể hình thành 2 loại bào tử: bào tử sinh sản và bào tử không sinh sản.
- Bào tử sinh sản: gồm
+ Ngoại bào tử: bào tử được hình thành bên ngoài tế bào sinh dưỡng.
+ Bào tử đốt: bào tử được hình thành do sự phân đốt của sợi sinh dưỡng.
- Bào tử không sinh sản là nội bào tử: được hình thành trong tế bào sinh dưỡng, khi vi khuẩn gặp điều kiện bất lợi trong môi trường. Nội bào tử có vỏ dày, trong có chứa canxi đipicôlinat giúp nội bào tử rất bền với nhiệt. Là dạng tiềm sinh, giúp vi khuẩn thích nghi và vượt qua điều kiện khắc nghiệt của môi trường.