Thực tiễn áp dụng Nghị quyết 19 tại các đơn vị như Trung tâm Nghiên cứu Triển khai Khu Công nghệ cao (SHTP Labs) cho thấy nhiều bất cập: tiêu chuẩn cứng nhắc về bằng Tiến sĩ đối với vị trí lãnh đạo khiến nhiều nhân sự giỏi quản lý và chuyên môn mất quyền lợi ưu đãi; tiêu chí đánh giá chỉ giới hạn ở tác giả chính bài báo WoS mà bỏ qua Scopus hay mức độ đóng góp trong sáng chế; trần thù lao 60 triệu đồng/tháng chưa đủ sức cạnh tranh và chính sách còn bó hẹp trong khối công lập.
Nhằm khắc phục các tồn tại trên, Sở KH&CN TPHCM đang hoàn thiện dự thảo nghị quyết mới gồm 7 Chương, 27 Điều. Dự thảo đề xuất mở rộng phạm vi áp dụng sang khối ngoài công lập; nâng mức đãi ngộ cho lãnh đạo tổ chức lên 60–120 triệu đồng/tháng kèm thưởng 1–2 tháng lương, và thù lao Chủ nhiệm chương trình lên 105 triệu đồng/tháng theo kết quả đầu ra.
Bên cạnh đó, các Trung tâm CoE được đề xuất hỗ trợ tới 100% kinh phí, khoán chi, giao quyền quản lý tài sản trí tuệ không bồi hoàn và chấp nhận rủi ro nghiên cứu nếu tuân thủ đúng quy trình, đổi lại các cam kết khắt khe về công bố quốc tế, sáng chế và chuyển giao công nghệ. TPHCM đặt mục tiêu đến năm 2030 có ít nhất 5 trung tâm tiệm cận trình độ quốc tế và đến năm 2045 có 5 trung tâm đạt chuẩn quốc tế.

