Theo kết luận điều tra của Bộ Công an, Nguyễn Đăng Thuyết, Tổng giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội, đã chỉ đạo nhân viên và kế toán công ty thực hiện hành vi mua bán, sử dụng hóa đơn khống. Hành vi này gây thiệt hại nghiêm trọng, làm thất thoát ngân sách hơn 743 tỷ đồng.
Trong đó, Nguyễn Thị Hòa (giám sát kế toán Công ty Thành An) và Bùi Thị Mai Hương (kế toán trưởng Công ty Danh - công ty con của Thành An) được xác định là hai người trực tiếp giúp sức cho Thuyết trong việc duy trì và thực hiện các giao dịch hóa đơn khống.
Nguyễn Thị Hòa chịu trách nhiệm lập kế hoạch dự tính số tiền thuế phải nộp và chi phí mua hóa đơn khống, sau đó trình Nguyễn Đăng Thuyết cùng vợ ông ta là Nguyễn Nhật Linh phê duyệt. Sau khi được phê duyệt, Hòa và Hương liên hệ với các "đầu mối" là đại diện của 32 công ty hoặc hộ kinh doanh để mua hóa đơn khống.
Các hóa đơn khống này chủ yếu là danh mục vật tư y tế, được cập nhật vào hệ thống sổ kế toán thuế để tăng chi phí và giảm số thuế thực tế phải nộp. Tổng cộng, từ năm 2017 đến 2022, nhóm này đã mua hơn 19.000 hóa đơn khống với tổng giá trị hơn 3.700 tỷ đồng (bao gồm cả thuế VAT).
Không chỉ giúp công ty gian lận thuế, Hòa và Hương còn tự "cắt lại" từ 0,3% đến 1,5% tổng giá trị các giao dịch hóa đơn khống. Số tiền này được họ chia đều nhau, hưởng lợi tổng cộng hơn 30 tỷ đồng, mỗi người nhận khoảng 15 tỷ đồng.
Hương khai nhận, để thực hiện việc mua hóa đơn khống, cô và Hòa đã sử dụng chữ ký số của đại diện pháp luật công ty để ký các báo cáo thuế và xuất hóa đơn điện tử gửi cơ quan thuế. Đồng thời, họ hạch toán các giao dịch khống lên phần mềm kế toán thuế để hợp thức hóa hồ sơ.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi của Hòa và Hương, cùng các nhân viên khác trong công ty, đã vi phạm quy định về kế toán, gây hậu quả nghiêm trọng. Đỗ Thị Hòa (kế toán trưởng Công ty Thành An) cũng được cho là có vai trò quan trọng trong việc quản lý và theo dõi hệ thống sổ sách kế toán nội bộ, nhưng hiện đang bỏ trốn.
Nguyễn Đăng Thuyết cùng các đồng phạm, bao gồm Hòa và Hương, đã bị đề nghị truy tố về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng". Riêng Đỗ Thị Hòa hiện đang bị truy nã.