Người đàn ông 76 tuổi đã đánh bại đối thủ chính của mình là cựu phó Tổng thống Atiku Abubakar với tỷ lệ gần 4 triệu phiếu bầu.
Những người ủng hộ ông Buhari đổ xuống đường ăn mừng.
Đảng của ông Buhari đã giành chiến thắng tại 19 trên 36 tiểu bang, trong khi đó đảng của ông Abubakar giành chiến thắng tại 17 bang và cả thủ đô Abuja.
Nigeria election: Muhammadu Buhari re-elected as president
Nigerian President Muhammadu Buhari has been re-elected for a second four-year term, the election commission says.
The 76-year-old defeated his main rival, former Vice President Atiku Abubakar, with a margin of nearly four million votes.
Mr Abubakar's People's Democratic Party (PDP) has rejected the result. Turnout was 35.6%.
Delays and violence marred the run-up to Saturday's poll but no independent observer has cited electoral fraud.
Mr Buhari's All Progressives Congress (APC) won in 19 of the 36 states while the PDP was victorious in 17 states and in the capital, Abuja, according to the electoral commission (Inec).