Năm 2008, giá cá tra nguyên liệu khoảng 15.000 đồng/kg, tương đương 1,2 USD/kg, so với thời điểm hiện nay, với giá 20.000 đồng/kg là chưa đến 1 USD/kg. Như vậy, nói người nuôi cá lãi 2.000 đồng/kg là nhận định chủ quan. Hiện nay, các chi phí đầu vào đều tăng do biến động tỷ giá, giá thức ăn tăng cao.v.v. người nuôi cá tra lời giả lỗ thật. Trong khi đó, các doanh nghiệp chế biến thủy sản cạnh tranh nhau, chào bán phi lê cá tra ở nhiều thị trường chưa đến 3 USD/kg, tạo ra những hiệu ứng không tốt cho nghề cá tra Việt Nam, bị áp đặt thuế chống phá giá, các hàng rào tiêu chuẩn kỹ thuật cao để kiểm sát chất lượng.v.v. như vậy, doanh nghiệp cũng bị thiệt hại.
Một số doanh nghiệp chế biến cá tra xuất khẩu báo cáo đã tự túc được từ 30 đến 50% nhu cầu, tuy nhiên, thực tế cho thấy con số này còn xa sự thật. Bởi nếu doanh nghiệp chủ động tự túc được, gía cá nguyên liệu trên thị trường sẽ khó tăng cao, chỉ trong một thời gian ngắn. Nguyên nhân, do trong năm 2009, người nuôi cá tra đã giảm từ 30 đến 50% diện tích ao nuôi, số còn lại cũng thả nuôi với mật độ thưa hơn. Vì vậy, sản lượng cá tra nguyên liệu cung trên thị trường đã giảm mạnh. Hệ quả này đã được dự báo từ cuối năm 2009, đến nay đã thành sự thật. Vì thiếu nguyên liệu, hiện nay, nhiều nhà máy đang hoạt động cầm chừng, ước tính đạt khoảng 30-40% công suất thiết kế. Mặt khác, trong trường hợp doanh nghiệp tự tổ chức nuôi, chi phí trên mỗi đơn vị sản phẩm sẽ cao hơn so với nông dân nuôi cá bên ngoài, bởi các chi phí về nhân sự, bộ máy quản lý, tỷ lệ hao hụt.v.v. đều nhiều hơn và cần số vốn đầu tư rất lớn.
Từ những phân tích trên, quy hoạch lại nghề cá tra là một yêu cầu cấp thiết. Mặc dù, năm 2009, Chính phủ đã chỉ đạo các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long hình thành Ban điều hành nuôi và xuất khẩu cá tra nhưng đến nay tình hình vẫn chưa được cải thiện. Có nhiều lý do nhưng nổi bật nhất là thiếu cơ chế điều hành, biện pháp chế tài và sự đồng thuận giữa các hội, hiệp hội và các địa phương trong việc định mức vùng nuôi và sản lượng cá tra. Cụ thể như Hội nghề nuôi cá tra các địa phương và Hiệp hội chế biến thuỷ sản Việt Nam vasep phải bắt tay nhau, dựa vào công suất các nhà máy hiện có, sản lượng cá tra đang sản xuất, tiêu thụ và dự báo khả năng mở rộng thị trường của cá tra trên thế giới.v.v. Qua đó, phân chia, điều tiết diện tích nuôi và sản lượng cá tra nguyên liệu cho từng điạ phương trong vùng đồng bằng sông Cửu Long. Ví dụ mỗi điạ phương như An Giang, Đồng Tháp, Tp Cần Thơ nên khống chế diện tích khỏang 1.000 ha, sản lượng 200 đến 250.000 tấn/năm là phù hợp. Còn đối với ngừơi nuôi, trong phạm vi diện tích ao tối thiểu 1 ha, phải đạt các điều kiện về cơ sở nuôi, có ao lắng, bắt buộc áp dụng tiêu chuẩn nuôi theo GAP, GlobalGAP.v.v. để bảo đảm chất lượng.
Một giải pháp đồng bộ nữa là phải tăng gía xuất khẩu sản phẩm phi lê cá tra, có thể đạt 4 USD/kg và các doanh nghiệp cần nghiên cứu, phát triển tạo được nhiều sản phẩm cá tra có giá trị gia tăng hơn. Như thế, vừa làm lợi cho quốc gia, vừa tránh được các vụ kiện chống bán phá giá từ các quốc gia nhập khẩu.
Quy hoạch lại nghề cá tra với điều kiện giữ vững sản lượng đã tính toán theo nhu cầu thị trường. Khi đó, chỉ cần làm ít nhưng hiệu quả nhiều. Qua đó tạo điều kiện tăng giá xuất bán sản phẩm cá tra, giá thu mua nguyên liệu cũng tăng lên tương ứng. Người nuôi lẫn doanh nghiệp đều được hưởng lợi phù hợp trong chuỗi giá trị cá tra và hiệu quả đạt cao hơn so với trước.
