Do chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thay đổi liên tục khiến nhiều doanh nghiệp được ưu đãi trước đây nay rơi vào tình cảnh dở khóc vì bị truy thu và phạt tiền thuế với số lên đến hàng trăm tỷ đồng như doanh nghiệp Nhựa Bình Minh.
Theo các doanh nghiệp, nguyên nhân khiến họ bị truy thu, xử phạt thuế với số tiền lớn nói trên là do những quy định không thống nhất về thuế. Chính sách ưu đãi khi thì cho giảm, lúc lại không cho; khi thì yêu cầu doanh nghiệp tính gộp lại nhưng lúc thì tách ra đã gây khó khăn cho doanh nghiệp và ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.
Chia sẻ câu chuyện xung quanh việc bị truy thu thuế oan, bà Nguyễn Thị Kim Yến, Phó Tổng Giám đốc Kinh doanh, Trưởng ban Quan hệ Cổ đông Công ty cổ phần Nhựa Bình Minh cho biết: Công ty cổ phần Nhựa Bình Minh đã cổ phần hóa năm 2004, và được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp 5 năm. Trong đó, 2 năm đầu, tức là 2004 và 2005 thì được miễn 100%. Và 3 năm sau, từ 2006-2008 sẽ được giảm 50% số thuế phải nộp. Năm 2006 thì Bình Minh niêm yết, và theo chính sách ưu đãi cho những doanh nghiệp niêm yết lần đầu, Nhựa Bình Minh sẽ được giảm 50% số thuế phải nộp 2 năm, kể từ năm niêm yết theo công văn số 11924 của Tổng cục vào ngày 20/10/2004. Như vậy, Bình Minh sẽ được giảm 50% số thuế doanh nghiệp nữa trong hai năm 2006 và 2007. Bà Nguyễn Thị Kim Yến nói thêm: "Sau khi đã có văn bản hỏi ý kiến và được trả lời từ Tổng cục Thuế, thì Bình Minh tiến hành đăng ký với Cục Thuế TP.HCM là sẽ kê khai giảm 50% ưu đãi cổ phần hóa và 50% ưu đãi niêm yết tổng hợp của hai năm 2006 và 2007. Đến 2008 Chúng tôi sẽ hưởng tiếp 50% còn lại của ưu đãi cổ phần hóa là kết thúc. Tuy nhiên, Cục Thuế TP.HCM lại có Thông báo số 1257 ngày 01/2/2007 hướng dẫn không được xử lý cộng dồn mà chỉ được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 2 năm liên tục kể từ khi kết thúc thời hạn miễn, giảm thuế trước, riêng đối với Công ty cổ phần Nhựa Bình Minh là hết năm 2008. Như vậy, Công ty cổ phần Nhựa Bình Minh đã thực hiện theo đúng hướng dẫn của Cục Thuế TP.HCM chứ không tự ý thực hiện, nên việc đến năm 2013 bị truy thu theo chỉ đạo năm 2011 của Tổng Cục Thuế là oan ức cho Nhựa Bình Minh”.
Về vấn đề này, phía Cục thuế thành phố lý giải: Đó là do doanh nghiệp đã nộp thuế nhưng luân chuyển chứng từ giữa kho bạc về bị chậm, hoặc doanh nghiệp đã nộp thuế tại các tỉnh nhưng chưa có xác nhận của các cơ quan thuế địa phương nên Cục Thuế vẫn treo số nợ thuế đó, hoặc do doanh nghiệp nộp sai tiểu mục... Bà Trần Thị Lệ Nga, Phó Cục thuế thành phố cho rằng, bà cũng rất tâm tư về việc những doanh nghiệp bị truy thu thuế, và luôn tự hỏi không biết mình đã làm hết trách nhiệm chưa. Rồi đội ngũ công tác tuyên truyền hỗ trợ ở các Chi cục Thuế ở các quận, huyện có nắm vững để truyền đạt lại cho nhân dân đúng chưa. Bà Trần Thị Lệ Nga, nhìn nhận: “Chúng tôi thấy đây là những băn khoăn, nói là trách nhiệm, nghĩa vụ của người nộp thuế, nhưng chúng tôi luôn luôn gắn nghĩa vụ của người nộp thuế với trách nhiệm của cơ quan thuế khi chưa làm bạn đồng hành tốt với người nộp thuế trong thời gian qua” .

Tuy nhiên, dù sao, đó cũng có một phần trách nhiệm của người làm công tác thuế khi chưa giải thích thấu đáo, cặn kẽ để xảy ra những trường hợp đáng tiếc như vậy. Mặt khác, cũng phải nhìn nhận những bất cập về chính sách Thuế đã gây khó khăn không ít cho cán bộ thuế và cho các doanh nghiệp. Để khắc phục tình trạng này, hiện lãnh đạo Cục Thuế đã duyệt thông qua kế hoạch chuẩn hóa số liệu của cơ quan thuế, và việc này sẽ làm thí điểm ở hai phòng tại Cục Thuế và một số Chi cục để tìm nguyên nhân và có giải pháp khắc phục. Nói về công tác tuyên truyền, ông Dương Thế Quang, Giám đốc Trung tâm tích hợp và lưu trữ Cục Thuế TP.HCM nói: “Trước đây, chúng ta tuyên truyền, thì chỉ nói về lợi ích của doanh nghiệp khi trả thuế qua ngân hàng là đỡ phải đi lại, in ấn, và trả tiền gởi xe… Thật ra, lợi ích đó rất nhỏ. Mà phải làm cho người nộp thuế hiểu đầy đủ về lợi ích kinh tế, xã hội lớn cho xã hội, đất nước” .
Trong thời buổi kinh tế khó khăn như hiện nay, mà bỗng đâu, có một khoản nợ từ trên trời rơi xuống với số tiền truy thu lên đến nhiều tỷ đồng. Gánh nặng này, không phải chỉ một mình doanh nghiệp gánh. Ngay từ đầu, các văn bản hướng dẫn về Luật Thuế đã không có sự thống nhất, rõ ràng gây ra chồng chéo. Chưa kể là năng lực truyền đạt, nắm vấn đề của các cán bộ thuế chưa đủ, chưa tới để phổ biến, hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ đóng thuế. Bởi nếu không, cơ quan thuế đã có sự phát hiện sớm, và hướng dẫn trở lại, xử lý ngay khi phát hiện doanh nghiệp thực hiện sai, chứ không phải đợi đến khi số tiền thuế dồn đến hàng trăm tỷ đồng mới truy thu, doanh nghiệp lấy đâu ra tiền đóng thuế khi giữ vững sự ổn định của doanh nghiệp trong thời buổi này cũng đã là khó khăn lắm!

