Sau 4 năm triển khai, Luật Quản lý thuế ở VN đã chứng minh được vai trò quan trọng trong việc điều hành chính sách thuế. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Luật này đã bộc lộ một số điểm bất hợp lý cần phải sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với yêu cầu phát triển và hội nhập, cải thiện chất lượng dịch vụ công và cải cách hành chính.
Tại hội thảo, các ý kiến kiến nghị việc khắc phục tình trạng để doanh nghiệp chờ quá lâu để được ân hạn nộp thuế. Theo đó, các quy định về quản lý thuế được kiến nghị nên sửa đổi theo hướng: Mọi doanh nghiệp, không phân biệt, chấp hành tốt hay không tốt Luật thuế đều phải nộp thuế ngay khi giao dịch hàng hóa thông quan. Bên cạnh đó, vẫn cho phép các doanh nghiệp được phép phân kỳ trả nợ thuế với hình thức “trả góp” thuế trong thời hạn 12 tháng khi có giấy bảo lãnh của ngân hàng thương mại. Đồng thời, trong thời hạn xuất hành giấy bảo lãnh chậm nộp thuế thì người nộp thuế vẫn phải thanh toán phần lãi của tiền thuế chậm nộp.
Liên quan đến việc kiểm soát hành vi chuyển giá trong các
giao dịch liên kết, có ý kiến đề xuất nên học hỏi kinh nghiệm của ngành thuế các
nước trên thế giới. Mặt khác, nên áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp
xác định giá theo nguyên tắc thị trường giữa các cơ quan thuế và các công ty đa
quốc gia. Theo cơ chế này sẽ tạo ra sự chủ động cho doanh nghiệp trong lập kế
hoạch kinh doanh và thực hiện nghĩa vụ thuế.

