Trên thực tế, tất cả hình thức ô nhiễm môi trường đều có giải pháp khắc phục. Vấn đề là chi phí khắc phục môi trường phải làm sao tương xứng với bài toán sản xuất kinh doanh. Bởi, nếu làm đúng theo thủ tục môi trường sẽ chi phí rất cao và sẽ khó cho người vi phạm lẫn người xử phạt vi phạm, vì không có quy chuẩn chung. Đơn cử như các dự án đầu tư, cấp phép xong, rồi bắt đầu làm thủ tục về môi trường thì xem như chỉ hợp thức hóa.
Theo quy trình, trước tiên phải làm đánh giá tác động môi trường trước, rồi cam kết bảo vệ môi trường, các thủ tục môi trường để cơ quan nhà nước cấp phép đầu tư, định lượng cân nhắc xem trước khi cấp phép đầu tư có nên là cấp hay không. Quy định trước đây, các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh chưa có thủ tục mà đã đi vào hoạt động thì bây giờ phải làm đề án bảo vệ môi trường, phải mô tả lại chuyện sản xuất kinh doanh, như: gây ô nhiễm thế nào, biện pháp khắc phục như thế nào,…Xem ra đề án này khả thi hơn việc cam kết bảo vệ môi trường hay đánh giá tác động môi trường. Vì khi vào hoạt động thực tế ta dễ thấy rõ hơn, còn đánh giá tác động môi trường… chỉ là trên lý thuyết. Tuy nhiên, đề án thì có thời gian nhất định theo quy định của Bộ Tài Nguyên Môi Trường, nhưng trong thực tiễn, do kiểm soát chưa chặt chẽ, nên có nhiều doanh nghiệp đi vào hoạt động mà vẫn chưa có thủ tục môi trường, trong khi đó lại hết thời hạn làm đề án thì vô hình chung đã làm khó cho doanh nghiệp.
Ngoài ra, việc phân cấp ủy quyền đối với các UBND quận, huyện, đối với các doanh nghiệp do thành phố quản lý, doanh nghiệp FDI có vốn đầu tư nước ngoài…còn nhiều vướng mắc. Theo phân cấp hiện nay thì, Sở Tài Nguyên Môi Trường cấp đánh giá tác động môi trường cho các doanh nghiệp lớn và các doanh nghiệp nước ngoài trên địa bàn quận, huyện và theo nguyên tắc thì cơ quan nào cấp cơ quan đó kiểm tra.
Như trường hợp ở địa bàn quận 9, mặc dù có quyết định 200 của UBND TP (năm 2004) đối với các ngành nghề không được kinh doanh trên địa bàn dân cư, tuy nhiên trong luật về môi trường chưa quy định cụ thể về điểm này, do đó thẩm quyền giải quyết không biết thuộc trách nhiệm về cơ quan nào. Ông Ngô Minh Tuấn - Phó chủ tịch UBND quận 9 nêu trường hợp cụ thể trên địa bàn:
Trong khi đó, vấn đề chế tài luật cũng quy định nhưng việc thực thi rất khó, vì chưa thực sự sâu sát vào các vấn đề của cuộc sống. Theo quy định nếu doanh nghiệp vi phạm sẽ bị xử phạt, thậm chí có những biện pháp chế tài nghe thật “oai” nhưng thực tế không làm được. Ví dụ như doanh nghiệp nào vi phạm sẽ bị cắt điện, tuy nhiên điện lại là hợp đồng dân sự giữa bên sử dụng điện và bán điện, nên cũng không thể áp dụng được. Quy định về nộp phạt cũng vậy, nhưng nếu doanh nghiệp không nộp phạt thì trừ tiền ở tài khoản ngân hàng, nhưng ngân hàng nhà nước cũng không có thông tư để quy định về vấn đề này hay chế tài bằng cách rút rút giấy phép kinh doanh… cũng không khả thi. Ông Trần Minh Khiêm, phó chủ tịch UBND quận, Bình Tân, cho rằng:
Bên cạnh đó có những quy định thể hiện sự bất cập, do quy chuẩn chưa cụ thể. Như trường hợp những doanh nghiệp gây ô nhiễm có mùi hôi mà bị dân phản đối, khi cơ quan chức năng tiến hành đo đạc thì tiêu chuẩn vẫn đạt, nhưng mùi hôi vẫn hôi. Vấn đề là do quy chuẩn bộ tài nguyên môi trường đề ra chưa theo kịp cuộc sống. trong khi đó,vấn đề chất thải rắn, chất thải nguy hại thì khung hình phạt khởi điểm từ 100 triệu trở lên, nhưng không phân biệt quy mô của mức độc gây ô nhiễm, chẳng hạn như: bóng đèn neon, pin tiểu, giẻ dính dầu nhớt…. Ông Phạm Đức Tài, phó tổng giám đốc Samco cho rằng: Chỉ sơ suất nhỏ phạt 100 triệu thì oan uổng cho doanh nghiệp quá so với khối lượng kim loại lớn có thể gây ung thư. Hiện nay có nhiều doanh nghiệp bị phạt oan vì các vi phạm này:
Hiện tại chúng ta không nên trông chờ vào sự tự nguyện, trách nhiệm của từng doanh nghiệp mà phải có biện pháp chế tài quyết liệt và thực thi việc bảo vệ môi trường một cách nghiêm minh. Ông Trần Du Lịch, Phó Đoàn Đại biểu Quốc hội TP HCM, cho rằng:
Để luật bảo vệ môi trường thực sự đi vào cuộc sống, không chỉ đòi hỏi phải có những biện pháp chế tài cứng rắn, các quy chuẩn xử phạt phù hợp và cụ thể, rõ ràng mà còn phải cập nhật theo kịp với sự phát triển kinh tế, phù hợp với quy chuẩn quốc tế.