Theo công văn, Ban Chỉ đạo đã định hướng cơ cấu sắp xếp đối với các sở đặc thù như: ngoại vụ, du lịch, quy hoạch và kiến trúc (đối với TPHCM và TP Hà Nội), an toàn thực phẩm (được thành lập tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) và ban dân tộc.
Sở quy hoạch và kiến trúc thực hiện sáp nhập vào sở xây dựng và giao thông. Tuy nhiên, trường hợp có yêu cầu đặc thù về quản lý nhà nước đối với lĩnh vực giao thông vận tải trên địa bàn, Hà Nội và TPHCM có thể xem xét, quyết định việc duy trì sở giao thông vận tải và thực hiện phương án sáp nhập sở quy hoạch và kiến trúc vào sở xây dựng, bảo đảm phù hợp với tình hình, đặc điểm tại Hà Nội và TPHCM.
Sở Ngoại vụ sẽ sáp nhập vào Văn phòng UBND tỉnh hoặc duy trì thì củng cố, sắp xếp, tinh gọn tổ chức bên trong của Sở này, bảo đảm nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động.
Đối với các địa phương đang có Sở Du lịch thì căn cứ tình hình, đặc điểm của địa phương chủ động quyết định phương án hợp nhất với Sở Văn hóa, Thể thao thành Sở VH-TT&DL hoặc duy trì thì cũng cố, sắp xếp, tinh gọn tổ chức bên trong của Sở này, bảo đảm nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động.
Còn về sở an toàn thực phẩm, trường hợp không duy trì thì chuyển chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy tham mưu quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm về sở y tế. Các nhiệm vụ quản lý an toàn thực phẩm chuyên ngành về các sở: y tế; công thương; nông nghiệp và môi trường.
Riêng ban dân tộc, với các địa phương đang có, thực hiện sắp xếp tương đồng với Ủy ban Dân tộc - Tôn giáo (ở trung ương) theo hướng đổi tên thành ban dân tộc - tôn giáo; tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy tham mưu quản lý nhà nước về tôn giáo từ sở nội vụ; nhiệm vụ giảm nghèo từ sở lao động - thương binh và xã hội.
Đối với các địa phương không thành lập ban dân tộc (kể cả trường hợp đáp ứng đủ tiêu chí) thì chủ động quyết định chuyển chức năng tham mưu về công tác dân tộc từ văn phòng UBND cấp tỉnh về sở nội vụ - lao động (sau hợp nhất) để thống nhất đầu mối tham mưu quản lý nhà nước về công tác dân tộc, tôn giáo và thực hiện nhiệm vụ giảm nghèo.
Việc sắp xếp tổ chức các cơ quan chuyên môn nêu trên theo định hướng, gợi ý, bảo đảm tổng số sở thuộc UBND cấp tỉnh không quá 14 sở. Riêng Hà Nội và TPHCM không quá 15 sở.