Tính đến ngày 16/9, tình trạng ngập lụt vẫn diễn ra ở nhiều nơi, đặc biệt là tại các huyện ngoại thành.
Theo Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn Hà Nội, từ khi bão số 3 đổ bộ, hơn 78.000 người đã được sơ tán khẩn cấp khỏi các khu vực ngập lụt. Đến thời điểm hiện tại, nước đã rút dần ở nhiều nơi, giúp hơn 48.000 người trở về nhà, bao gồm các khu vực như quận Bắc Từ Liêm, Tây Hồ, Hoàn Kiếm và Long Biên.
Tuy nhiên, vẫn còn khoảng 30.536 người ở các huyện như Chương Mỹ, Mỹ Đức, Sóc Sơn và Đông Anh phải tiếp tục sơ tán vì tình trạng ngập lụt vẫn chưa được giải quyết hoàn toàn. Đặc biệt, huyện Chương Mỹ là nơi có số người phải sơ tán nhiều nhất, với 9.000 người.
Trận mưa lớn kéo dài từ 2 giờ sáng đến 7 giờ sáng ngày 16/9, với lượng mưa đo được từ 69,5 - 154,5mm tại các quận nội thành và lên tới 229mm tại huyện Đông Anh, đã gây ra tình trạng úng ngập cục bộ tại nhiều khu vực của thành phố. Các tuyến phố nội thành như Thái Hà, Nguyễn Tuân, Cự Lộc và Vương Thừa Vũ đều chìm trong nước, gây ùn tắc giao thông nghiêm trọng.
Tại khu vực ngoại thành, mực nước tại các sông như sông Hồng, sông Đà và sông Đuống vẫn đang dâng cao, khiến nhiều trạm bơm thoát nước phải hoạt động hết công suất để giảm tình trạng ngập úng.
Trạm bơm Yên Sở đã vận hành toàn bộ 20 tổ máy, trong khi các trạm bơm khác như Đồng Bông 1, Đồng Bông 2, Cổ Nhuế cũng phải hoạt động hết sức để giải tỏa nước ngập cho thành phố.
Cửa đập Thanh Liệt cũng đã phải đóng lại từ sáng sớm để ngăn nước lũ từ sông Nhuệ tràn vào khu vực nội thành, nhằm giảm thiểu tác động của mưa lớn và lũ lụt.