Mức thu phí áp dụng thống nhất cho cả du khách trong nước và quốc tế.
Theo đề án, mức thu phí tham quan cho từng tuyến cụ thể như sau:
Bến thủy nội địa - đảo Hòn Miễu (đảo Trí Nguyên): 6.000 đồng/người/lượt.
Bến thủy nội địa - đảo Hòn Tằm, đảo Hòn Tre (Vinpearl), đảo Hòn Một: 8.000 đồng/người/lượt.
Bến thủy nội địa - đảo Hòn Mun: 10.000 đồng/người/lượt.
Tổng hợp các tuyến: 40.000 đồng/người/lượt.
Chính sách ưu đãi được áp dụng cho một số đối tượng, cụ thể:
Giảm 50% phí tham quan cho trẻ em từ 6-16 tuổi, người có công với cách mạng, người thuộc diện chính sách xã hội, người cao tuổi, học sinh - sinh viên thuộc các trường ở Khánh Hòa tổ chức tham quan, học tập.
Miễn phí đối với trẻ em dưới 6 tuổi, công dân cư trú tại Khánh Hòa, cư dân sinh sống trên các đảo, người khuyết tật, du khách tắm biển tại các bờ biển ven đất liền và cán bộ nhân viên làm việc tại các điểm du lịch trong vịnh Nha Trang.
Dự kiến, số tiền thu được từ phí tham quan hằng năm khoảng 26,4 tỷ đồng, được sử dụng để bảo trì, bảo vệ và vận hành hệ thống quản lý vịnh Nha Trang.
Trước đó, từ năm 2004-2009, tỉnh Khánh Hòa đã ban hành nghị quyết thu phí tham quan vịnh Nha Trang, nhưng sau đó tạm dừng do một số bất cập.
Từ năm 2010 đến nay, việc thu phí chỉ áp dụng với khách tham quan khu bảo tồn biển Hòn Mun.
Với quyết định mới, việc thu phí sẽ chính thức được triển khai lại, nhằm bảo đảm nguồn lực cho công tác bảo vệ và phát triển du lịch bền vững tại vịnh Nha Trang.