Theo cơ quan chức năng của Nhật bản, nghi phạm của vụ việc trên được xác định ban đầu là một người đàn ông Nhật Bản theo dõi thông tin chuyến bay đăng tải công khai trên mạng và có hành động đe dọa an toàn chuyến bay VN5311.
Ngày 5/1/2022, chuyến bay VN5311 sử dụng tàu bay B787-868 từ Narita - Nhật Bản về Hà Nội (NRT-HAN), khởi hành lúc 10h30 (giờ địa phương) gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 cơ trưởng cùng 47 hành khách.
Khoảng 11h10 (giờ địa phương), chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được một cuộc điện thoại từ đối tượng nói giọng nam bắng tiếng Nhật tự xưng là người Mỹ. Người này đe doạ “chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo”.
Khi nhân viên nhận điện thoại hỏi: “Ông có thể nói lại điều ông vừa nói được không”, người đàn ông trả lời: “Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua Vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại”.
Thời điểm này, chiếc máy bay đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo. Ngay sau khi nhận cuộc điện thoại đe dọa nêu trên, Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản báo cáo nhanh vụ việc về Vietnam Airlines.
Trên cơ sở báo cáo của Vietnam Airlines, Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh, Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể, Cục trưởng Cục Hàng không VN chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép Nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay và hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Khoảng 14h30, sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, nhà chức trách và cảnh sát sân bay Fukuoka thông báo cho phép chuyến bay VN5311 tiếp tục khởi hành về Hà Nội và hạ cánh an toàn xuống sân bay Nội Bài. Ngay trong chiều 5/1, đơn vị phòng chống khủng bố thuộc Cục An ninh nội địa (Bộ Công an) đã vào cuộc điều tra vụ việc.
Xác minh ban đầu của cơ quan chức năng Nhật Bản cho thấy, người đàn ông này thực hiện hành vi đe dọa một mình, không có đồng phạm. Nghi phạm cũng thừa nhận hành vi đe dọa bắn hạ máy bay của Việt Nam nhưng không có động cơ, không có mục đích.
Thông tin ghi nhận được kẻ này có những biểu hiện về vấn đề thần kinh không bình thường. Việc đe dọa an ninh an toàn được xác định là có nhưng không nguy hiểm.
Cơ quan chức năng Nhật Bản vẫn đang tiếp tục xác minh làm rõ vụ việc và chưa có kết luận chính thức.

