Các cơ sở sản xuất chăn nuôi và công nghiệp nằm ngoài các khu công nghiệp là nguyên nhân tiếp theo khiến Sông Sài Gòn ô nhiễm nghiêm trọng, cuối cùng mới là các khu chế xuất khu công nghiệp. Hiện mới chỉ có khoảng 50% cơ sở sản xuất và chăn nuôi đầu tư hệ thống xử lý nước thải, tuy nhiên, tỉ lệ nước thải sau xử lý đạt quy chuẩn môi trường cũng khá thấp chỉ khoảng 55,8%. Thạc sĩ Lê Việt Thắng, giảng viên trường ĐH Thủ Dầu Một, tỉnh Bình Dương, chủ nhiệm đề tài nghiên cứu cho biết:
Theo Chi cục bảo vệ môi trường tỉnh Bình Dương, địa phương này có 22 khu công nghiệp đang hoạt động trong đó có 10 khu công nghiệp đang xả nước thải vào sông Sài Gòn với tổng lượng nước thải 40 ngàn mét khối/ngày đêm, tập trung vào những ngành có mức độ gây ô nhiễm cao như giấy, dệt nhuộm, chế biến mủ cao su. Trong năm 2010, tỉnh Bình Dương cũng đã tiến hành thanh, kiểm tra 938 doanh nghiệp với số lượng xử phạt khá lớn : 555 doanh nghiệp, tổng số tiền phạt 12,6 tỉ đồng. Tuy nhiên hoạt động này vẫn còn gặp nhiều khó khăn bởi các doanh nghiệp đối phó ngày càng tinh vi hơn. Do vậy chất lượng nước Sông Sài Gòn trên địa bàn tỉnh vẫn chưa được cải thiện, tình trạng ô nhiễm môi trường xảy ra mạnh ở các khu công nghiệp và đô thị. Trong số hơn 5000 doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất kinh doanh tại đây chỉ có khoảng 20% doanh nghiệp có hệ thống xử lý nước thải đạt quy chuẩn môi trường, số còn lại không đạt, thậm chí xả thẳng ra môi trường. Ô nhiễm tại Kênh Ba Bò, nơi giáp ranh TPHCM và Bình Dương vẫn là điểm nóng chưa giải quyết triệt để gây bức xúc trong dư luận.
Giáo sư, tiến sĩ Lâm Minh Triết, Viện nước và Công nghệ môi trường - ĐH quốc gia TPHCM, cho biết để đáp ứng nhu cầu về nước cho thành phố, ngoài các nguồn nước ngầm, một số nhà máy nước lấy nguồn thô từ các Sông Đồng Nai, Sông Sài Gòn đã và đang được xây dựng. Tuy nhiên việc cung cấp nước từ các nguồn nước bề mặt đang gặp khó khăn do chất lượng nước thô ngày càng xấu đi. Ngoài những nguyên nhân vừa kể trên còn có những nguyên nhân tự nhiên như đất bề mặt trong khu các lưu vực sông bị xói mòn, hòa tan các hợp chất trong đất, đi vào và làm biến đổi chất lượng nước sông.
Tại hội thảo, các nhà khoa học đề nghị các tỉnh thành trên lưu vực sông Sài Gòn cần đẩy nhanh tiến độ đầu tư xây dựng các trạm xử lý nước thải sinh hoạt tập trung. Tăng cường kiểm tra, thanh tra đối với các cơ sở sản xuất nằm ngoài các khu chế xuất khu công nghiệp và xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn thải phục vụ cho công tác quản lý chất lượng nước sông Sài Gòn. Tuy nhiên để hoạt động thanh kiểm tra đi vào chiều sâu, tránh tình trạng doanh nghiệp đối phó với đoàn thanh tra, PGS -TS Phan Minh Tân, giám đốc Sở KH&CN TPHCM kiến nghị:
(VOH) - Sáng nay 06/07, Viện nước và công nghệ môi trường đã tổ chức hội thảo nghiên cứu đề xuất các giải pháp tổng thể và khả thi bảo vệ nước sông Sài Gòn đảm bảo an toàn cấp nước cho thành phố. Kết quả điều tra, nghiên cứu tại hội thảo cho thấy chưa tới 20% lượng nước thải sinh hoạt của các tỉnh thành gồm TPHCM, Tây Ninh, Bình Phước và Bình Dương được thu gom xử lý, đây là nguyên nhân chính gây ô nhiễm sông Sài Gòn. Chỉ với riêng 4 đô thị lớn tại Bình Dương mỗi ngày đêm đã thải vào sông Sài Gòn 41.500 mét khối, lớn hơn số lượng nước thải mà các khu công nghiệp của tỉnh thải vào con sông này.
