Dự thảo luật sửa đổi theo hướng cơ quan thanh tra được tổ chức theo 2 cấp gồm: Thanh tra Chính phủ và Thanh tra tỉnh. Cùng với việc bỏ thanh tra bộ, sở, huyện, dự thảo luật quy định giữ các cơ quan thanh tra có tính đặc thù như: cơ quan thanh tra trong quân đội nhân dân, công an nhân dân, ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Một số đại biểu Quốc hội đề nghị làm rõ tại sao còn quy định tổ chức cơ quan thanh tra trong những đơn vị trên.
Giải trình nội dung này, Tổng Thanh tra Chính phủ Đoàn Hồng Phong cho biết có 3 lý do.
Thứ nhất, Kết luận số 134 của Bộ Chính trị, Ban Bí thư không đề cập việc kết thúc hoạt động của các cơ quan thanh tra trong quân đội nhân dân, công an nhân dân, ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Thứ hai, dự thảo luật kế thừa quy định của Luật Thanh tra năm 2022.
Thứ ba, quy định như dự thảo là phù hợp với tính đặc thù, mô hình tổ chức của ngành dọc của ngành công an, quân đội, ngân hàng Nhà nước.

Theo Kết luận 134, Tổng Thanh tra Đoàn Hồng Phong cho biết khi các cơ quan không còn thanh tra sẽ thực hiện kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.
Dự thảo luật giao thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước tổ chức kiểm tra việc chấp hành chính sách, pháp luật. Để hoàn thiện, dự thảo luật giao Chính phủ quy định hoạt động kiểm tra.
Làm rõ băn khoăn của đại biểu Quốc hội về thực trạng chồng chéo trong thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ cho biết dự thảo luật đã có những quy định nhằm xử lý chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động thanh tra với kiểm toán Nhà nước.
Quy định rõ khi tiến hành hoạt động thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, nếu phát hiện chồng chéo, trùng lặp, cơ quan thanh tra phối hợp với cơ quan Kiểm toán Nhà nước để xử lý, bảo đảm một nội dung hoạt động của tổ chức, cá nhân chỉ là đối tượng của một cơ quan thanh tra hoặc cơ quan Kiểm toán Nhà nước.
Tuy nhiên việc chồng chéo, trùng lắp giữa hoạt động thanh tra với giám sát, kiểm tra chuyên ngành không được đề cập do khác nhau về nội dung, phạm vi, thời gian, trình tự, thủ tục và phương pháp.
"Tiếp thu ý kiến đại biểu, cơ quan chủ trì soạn thảo sẽ tham mưu Chính phủ ban hành nghị định, trong đó có quy định về việc xử lý chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra với hoạt động giám sát, kiểm tra chuyên ngành", tổng thanh tra nêu.