Một trong những điều kiện để được cấp phép doanh nghiệp đầu mối kinh doanh xăng dầu, theo Nghị định 83/2014, là phải có kho, bể xăng dầu hoặc thuê từ đơn vị khác từ 5 năm trở lên.
Việc này dẫn tới thực tế, doanh nghiệp, thương nhân phân phối thuê kho theo mùa vụ để được cấp giấy phép. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn tới vi phạm cấp phép của Bộ Công Thương, theo kết luận thanh tra.
Bộ Công Thương đã cấp 37 giấy phép kinh doanh xuất, nhập khẩu xăng dầu Trong hơn 5 năm, (không gồm 4 giấy phép kinh doanh xăng dầu hàng không) và 347 giấy phép làm thương nhân phân phối bán lẻ.
Sau khi được cấp phép nhiều thương nhân đầu mối đã không đảm bảo được hệ thống phân phối xăng dầu. Nhiều hợp đồng thuê kho, bể chứa không phát sinh gửi hàng, thanh lý hợp đồng... ảnh hưởng tới nguồn cung của thị trường.
Từ 2017 đến tháng 9/2022, một số thương nhân phân phối bán cho đầu mối sai quy định, khoảng 828.963 m³ để hưởng tiền chiết khấu, chênh lệch giá bất hợp pháp. Doanh nghiệp đầu mối đã không tạo nguồn theo quy định, ảnh hưởng tới nguồn cung xăng dầu của thị trường. Thanh tra Chính phủ cho rằng đây là nguyên nhân dẫn tới gián đoạn nguồn cung vào năm 2022.
Trong 1,5 năm (từ kỳ điều hành ngày 1/1/2017 đến 23/4/2018), văn bản điều hành giá của cơ quan quản lý không rõ ràng, dẫn tới 19 doanh nghiệp đầu mối trích lập sai Quỹ bình ổn xăng dầu với xăng RON 95 hơn 1.013 tỷ đồng. Các doanh nghiệp này cũng chi sai từ quỹ gần 680 tỷ.
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra rằng Ngân hàng Nhà nước chưa ban hành văn bản hướng dẫn các ngân hàng thương mại quản lý Quỹ bình ổn, dẫn tới 7 doanh nghiệp sử dụng quỹ sai mục đích bình ổn giá, hơn 7.927 tỷ đồng. Số tiền này đã được doanh nghiệp để tại tài khoản thanh toán trong nhiều kỳ, không kết chuyển về tài khoản quỹ. Trong đó, 3 doanh nghiệp đã trích lập, chi sử dụng Quỹ bình ổn với khối lượng xăng dầu vượt sổ sách, dẫn tới trích lập sai gần 4,8 tỷ đồng và chi sai từ quỹ này gần 22,6 tỷ. Một doanh nghiệp trích lập thiếu vào quỹ hơn 3 tỷ đồng, và một đơn vị thực hiện sai nguyên tắc kế toán số tiền điều chỉnh vào quỹ, gần 10,3 tỷ đồng.
Nhưng cơ quan quản lý là Bộ Công Thương, Bộ Tài chính không nắm rõ số dư đầu kỳ, số trích lập, sử dụng hay lãi của quỹ này tại một số doanh nghiệp khi ba năm liên tiếp, các doanh nghiệp đầu mối và ngân hàng thương mại nơi họ mở tài khoản Quỹ bình ổn xăng dầu không gửi sao kê.
Trước những vi phạm này, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng kiểm điểm, xử lý trách nhiệm với các tổ chức, cá nhân có liên quan tại Bộ Công Thương, Bộ Tài chính vi phạm về quản lý, để xảy ra thiếu xăng dầu, cũng như trách nhiệm phối hợp quản lý, giám sát Quỹ bình ổn, dẫn tới việc các thương nhân kinh doanh chiếm dụng và sử dụng sai mục đích.
Cơ quan thanh tra cũng chuyển tài liệu sang cơ quan điều tra, Bộ Công an xem xét, xử lý với hành vi vi phạm pháp luật trong sử dụng Quỹ bình ổn xăng dầu, kê khai nộp thuế bảo vệ môi trường tại 3 doanh nghiệp, gồm: Công ty cổ phần Tập đoàn Thiên Minh Đức, Công ty TNHH Thương mại vận tải và Du lịch Xuyên Việt Oil, Công ty TNHH Vận tải thủy bộ Hải Hà.
Thanh tra Chính phủ cũng chuyển kết luận đến Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền với cán bộ thuộc diện Bộ Chính trị, Ban bí thư quản lý có liên quan tới những tồn tại, vi phạm.