So với thống kê lúc 7 giờ cùng ngày là 233 người, số người chết đã tăng thêm 21 người.
Công tác khắc phục hậu quả do bão số 3 và hoàn lưu bão gây ra đang được các địa phương tập trung triển khai tích cực; trong đó đặc biệt quan tâm đến công tác tìm kiếm người mất tích, ổn định cuộc sống của nhân dân.
Đặc biệt, thông tin từ cơ quan chức năng tỉnh Lào Cai, đến 16 giờ 15 phút ngày 13/9 đã có thêm 3 người dân thôn Làng Nủ (xã Phúc Khánh, huyện Bảo Yên) may mắn thoát chết trong lũ dữ do đi làm ăn xa. Như vậy, trong ngày 13/9, thôn Làng Nủ có 11 trường hợp nghi mất tích đã trở về.

Tại Cao Bằng, lực lượng tìm kiếm đã tìm thấy thêm 6 nạn nhân trong các vụ sạt lở, mất tích; trong đó, điểm Lũng Lỳ tìm thấy 3 người, điểm Khuổi Ngọa (cùng xã Ca Thành) tìm thấy 3 người.
Sau 5 ngày nỗ lực tìm kiếm, lực lượng cứu hộ đã tìm thấy 51 thi thể nạn nhân, hoàn thành tìm kiếm ở 2/3 điểm. Công tác tìm kiếm vẫn được tiếp tục tại điểm Khuổi Ngọa.
Trong ngày 13/9, lãnh đạo Đảng, Nhà nước tiếp tục đến các địa phương kiểm tra công tác khắc phục hậu quả mưa bão; thăm hỏi, động viên chính quyền, nhân dân đoàn kết, hỗ trợ lẫn nhau để cuộc sống nhanh chóng ổn định trở lại.
Được lệnh của Bộ Quốc phòng, ngày 13/9, trực thăng quân sự Mi-17 số hiệu 7844 của Trung đoàn Không quân 916 (Sư đoàn Không quân 371, Quân chủng Phòng không - Không quân) đã cất cánh lúc 7 giờ 45 phút từ sân bay quân sự Gia Lâm (Hà Nội) chở hàng hóa, nhu yếu phẩm tiếp ứng cho đồng bào tại các khu vực đang bị cô lập, giao thông chia cắt do ảnh hưởng của bão lũ ở huyện Bảo Lâm và huyện Bảo Lạc, tỉnh Cao Bằng.
Trung ương Hội Chữ thập đỏ Việt Nam tiếp tục cứu trợ khẩn cấp đợt 3 cho 7 tỉnh, thành phố: Sơn La, Bắc Kạn, Cao Bằng, Nam Định, Ninh Bình, Hà Nội, Lào Cai với tổng giá trị tiền và hàng 2,6 tỷ đồng. Trong đó 1,3 tỷ tiền mặt; 850 thùng hàng và 100 bộ dụng cụ sửa nhà, 300 túi hàng cứu trợ.
Nhằm ngăn ngừa, hạn chế hậu quả về sức khỏe cho người dân sau bão lũ, Bộ Y tế đề nghị các địa phương củng cố và duy trì thường trực các đội cơ động chống dịch hỗ trợ tuyến dưới trong giám sát, xử lý dịch bệnh và các bệnh truyền nhiễm lưu hành trong điều kiện mưa lũ và ngập lụt.
Căn cứ vào mực nước sông Hồng tại Hà Nội (Long Biên) hồi 14 giờ 40 phút ngày 13/9 là 9,45m (mực nước báo động I là 9,50m), Hà Nội lệnh rút báo động 1 tại địa phận các quận Bắc Từ Liêm, Tây Hồ, Ba Đình, Hoàn Kiếm, Hai Bà Trưng, Hoàng Mai, Long Biên và các huyện Thanh Trì, Đông Anh, Gia Lâm.
Các địa phương chuẩn bị tổ chức người dân sớm quay lại chỗ ở; đồng thời huy động các lực lượng cùng nhân dân khẩn trương vệ sinh môi trường, dọn dẹp nhà cửa để ổn định cuộc sống.
Hưởng ứng lời kêu gọi của Ủy ban Trung ương Măt trận Tổ quốc Việt Nam, trong ngày 13/9, nhiều cơ quan, đơn vị, cá nhân tiếp tục tổ chức quyên góp ủng hộ các địa phương bị thiệt hại bởi bão số 3 và mưa lũ. Tính đến 17 giờ ngày 13/9, các tổ chức, cá nhân đã chuyển về tài khoản của Ban Vận động cứu trợ Trung ương 775,5 tỷ đồng.