Do phân luồng giao thông phục vụ thi công công trình tuyến đường sắt đô thị số 1 giai đoạn 2, đồng thời đảo chiều giao thông trên đường Phạm Ngũ Lão và đường Lê Lai, từ ngày 10/4/2017, trạm xe buýt Bến Thành được di dời sang đường Hàm Nghi (cách vị trí cũ khoảng 200 m), điểm dừng đón trả khách được bố trí lại theo lộ trình điều chỉnh đi qua trạm xe buýt trên đường Hàm Nghi.
Theo Trung tâm Quản lý và điều hành vận tải hành khách công cộng TPHCM, việc di dời và phân luồng giao thông sẽ ảnh hưởng đến hoạt động của 36 tuyến xe buýt (trong đó có 26 tuyến có trợ giá: số 01, 02, 03, 04, 11, 18, 19, 20, 28, 31, 34, 35, 36, 38, 39, 44, 45, 46, 52, 53, 56, 65, 69,72, 86, 88, 93, 96, 102, 140, 149, 152 và 10 tuyến xe buýt không trợ giá: số 12, 42, 75, 109, 61-6, D1, 49, 120, 123, 124).
Ban quản lý dự án 1 thuộc Ban Quản lý đường sắt đô thị TPHCM cho biết công trình xây dựng nhà ga ngầm Bến Thành và đoạn hầm metro dài 515 m tính từ đoạn phía trước chợ Bến Thành đến ga Nhà hát TP. Theo đó, nhiều công trình tại khu vực này sẽ không còn nữa như vòng xoay Quách Thị Trang và trạm điều hành xe buýt Sài Gòn.
Đến năm 2020 hoàn thành xây dựng tuyến metro số 1 thì phía trước chợ Bến Thành là một nhà ga ngầm và phía trên nhà hình tròn là giếng trời và là điểm lên xuống nhà ga ngầm.
