Theo Quy hoạch nầy, trước mắt, duy trì hoạt động của Trung tâm Khí tượng thủy văn quốc gia trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường; đồng thời rà soát lại cơ cấu tổ chức bên trong cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao.
Khi được Chính phủ quyết định thành lập Tổng cục Khí tượng Thủy văn và Cục Biến đổi khí hậu, sẽ thực hiện đổi tên Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Trung ương thành Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia; tổ chức lại Trung tâm Mạng lưới khí tượng thủy văn và môi trường trực thuộc Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia để thành lập Cục Kỹ thuật điều tra cơ bản khí tượng thủy văn.
Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi thường xuyên. Các đơn vị còn lại hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo chi thường xuyên.
