Trong đó, bến thủy nội địa hết hạn hoạt động có 991 bến; bến thủy nội địa hoạt động không phép 909 bến.

Các tỉnh có nhiều bến không phép là Nam Định với 233 bến, Hải Dương 97 bến, Bắc Giang 51 bến, Bắc Ninh 48 bến...Một số bến đã tồn tại lâu năm và nằm trong hành lang an toàn cầu, các công trình, đê điều, hành lang thoát lũ…
Nhiều bến không được cấp phép do vướng mắc trong thủ tục đất đai.
Thủ tục giao đất của các địa phương gặp rất nhiều khó khăn; nhiều bến thủy nội địa được thông báo thu hồi hợp đồng thuê đất vì chính quyền địa phương cấp đất không đúng thẩm quyền và không đúng quy định tồn tại từ lâu, chưa giải quyết được.
Ngoài ra, địa phương chưa thực sự quan tâm công tác đường thủy nội địa và các bến thủy không phép thuộc thẩm quyền của địa phương.
Bộ GTVT đã họp, bàn biện pháp xử lý dứt điểm. Bộ GTVT đã xây dựng kế hoạch tổng kiểm tra, phối hợp với các địa phương, các lực lực lượng triển khai.
Từ 1/7 - 31/12/2024 tiến hành kiểm tra cuốn chiếu trên các tuyến, kết thúc năm 2024 hoàn thành toàn bộ. Quá trình kiểm tra, tiến hành đánh giá hiện trạng cảng, bến, phương tiện, khu neo đậu; Từ hiện trạng đó đánh giá nguy cơ mất an toàn và kiến nghị, đề xuất giải pháp xử lý.