Theo đó, Tiến sĩ Trần Du Lịch, Ủy viên Hội đồng tư vấn Chính sách tiền tệ Quốc gia làm Chủ tịch Hội đồng tư vấn; Tiến sĩ Trương Minh Huy Vũ, Phó viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM làm Phó chủ tịch.
Thành viên Hội đồng gồm 23 người là các giáo sư, phó giáo sư, chuyên gia đầu ngành về các lĩnh vực nghiên cứu phát triển kinh tế xã hội. Tổ thư ký Hội đồng tư vấn triển khai thực hiện Nghị quyết 98 do 3 thành viên của Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM phụ trách.
Nhiệm vụ của Hội đồng tư vấn và Tổ thư ký là tổ chức họp hoặc hội thảo khoa học nhằm trao đổi, đề xuất với UBND TPHCM những nội dung ưu tiên, quy định chi tiết thi hành Nghị quyết 98; đưa ra các giải pháp, đề án và những vấn đề quan trọng liên quan đến việc triển khai các cơ chế, chính sách đặc thù.
2 đơn vị cũng sẽ tư vấn cho TPHCM ban hành các kế hoạch trong từng thời kỳ, các biện pháp chỉ đạo điều hành để thực hiện có hiệu quả nghị quyết; tư vấn nội dung chương trình giám sát định kỳ hàng quý, giám sát chuyên đề hoặc đột xuất…
Để thực hiện nhiệm vụ trên, 2 đơn vị được chủ động làm việc với các sở, ban, ngành, viện nghiên cứu, trường đại học trên địa bàn Thành phố và đề nghị cung cấp các văn bản, tài liệu, thông tin số liệu liên quan đến thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mình.
Tham vấn ý kiến của các chuyên gia, nhà khoa học trong nước và quốc tế, trí thức người Việt Nam ở nước ngoài, cán bộ quản lý đang làm việc hoặc đã nghỉ hưu am hiểu sâu về các lĩnh vực liên quan đến nghị quyết.
Các thành viên Hội đồng tư vấn và Tổ thư ký làm việc theo chế độ kiêm nhiệm và được hưởng chế độ theo quy định. Nhiệm vụ cụ thể của các thành viên do Chủ tịch Hội đồng tư vấn, Tổ trưởng Tổ thư ký phân công.
Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi giao Viện Nghiên cứu phát triển là cơ quan thường trực của Hội đồng tư vấn; chịu trách nhiệm làm đầu mối tổng hợp, báo cáo theo yêu cầu của chủ tịch Hội đồng. Kinh phí hoạt động của 2 đơn vị do ngân sách Thành phố bảo đảm theo quy định.