Trong vụ án này, Bộ Công an đã khởi tố 23 bị can với 5 tội danh, bao gồm: Vi phạm quy định kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, Nhận hối lộ, Lợi dụng ảnh hưởng với người có chức vụ quyền hạn để trục lợi. Ngoài việc khởi tố các bị can, cơ quan điều tra đã thu giữ một số lượng tài sản khổng lồ, bao gồm trên 300 tỷ đồng, 2 triệu USD, trên 500 lượng vàng, và hơn 1.000 sổ đỏ.
Theo Đại tá Nguyễn Quang Phương, công tác thu hồi tài sản cho nhà nước đang được tiếp tục tiến hành để đảm bảo tối đa quyền lợi của nhà nước và nhân dân. Trước đó, vào cuối tháng 2/2024, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn, do Nguyễn Văn Hậu làm chủ tịch Hội đồng quản trị.
Các bị can trong vụ án bao gồm Nguyễn Văn Hậu; Nguyễn Thị Hằng, Phó Tổng giám đốc Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn; Đỗ Thị Mai, Kế toán trưởng Công ty; Hoàng Thị Tuyết Hạnh, Kế toán viên; Trần Hữu Định, Giám đốc Công ty Cổ phần Đầu tư Nam Á Group; và Nguyễn Hồng Sơn, một lao động tự do. Các bị can bị cáo buộc đã thực hiện các hành vi giả mạo, khai man, và để ngoài sổ sách kế toán doanh thu, gây thiệt hại nghiêm trọng cho Nhà nước.
Ngoài ra, một số lãnh đạo địa phương, bao gồm các quan chức tại tỉnh Vĩnh Phúc và Quảng Ngãi, cũng bị khởi tố và bắt giam để điều tra về các vi phạm liên quan đến vụ án này. Cơ quan điều tra xác định rằng Tập đoàn Phúc Sơn đã đầu tư vào 21 dự án, và các sai phạm đã được tập trung điều tra tại tỉnh Vĩnh Phúc và Quảng Ngãi.
Trong một cuộc họp báo hồi cuối tháng 3/2024, Thiếu tướng Nguyễn Văn Thành, Phó Cục trưởng C03, cho biết qua lời khai của các bị can, Nguyễn Văn Hậu đã sử dụng các mối quan hệ để chi phối và lũng đoạn, gây sức ép với một số lãnh đạo tỉnh nhằm trục lợi. Hành vi này không chỉ gây thiệt hại về tài sản của nhà nước và nhân dân, mà còn ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động của hệ thống chính trị và làm xấu hình ảnh của Đảng và chính quyền.
Trong quá trình điều tra, cơ quan chức năng đã khởi tố 14 tội danh, trong đó có tội "Nhận hối lộ" liên quan đến các cựu lãnh đạo tỉnh tại Quảng Ngãi và Vĩnh Phúc. Các bị can như Hoàng Thị Thúy Lan, cựu Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc, và Lê Duy Thành, cựu Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc, đã nhận hối lộ "nhiều tỷ đồng" và đã khai nhận, nộp lại số tiền này.