Theo Hải quan ở cảng Cát Lái và Tân Cảng cho biết thì, các thủ đoạn phổ biến các doanh nghiệp hay dùng là khai báo sai về tên hàng, số lượng, chủng loại, xuất xứ; xuất khẩu, xuất nhập hàng cấm, hàng nhập khẩu phải có giấy phép mà không xuất trình được giấy phép trong thời hạn quy định; xuất, nhập hàng thừa so với khi hải quan. Nhập khẩu hàng hóa không khai báo hải quan, khai sai về số trọng lượng, quy cách, chất lượng, thời hạn sử dụng, khai hàng hóa có mô tả tương tự nhằm gây nhầm lẫn trong định danh hàng hóa, áp sai mã số thuế... hiện nay phổ biến là gian lận qua giá.
Ngoài ra một số doanh nghiệp làm thủ tục thường thay đổi tên giao dịch nhằm đánh lừa các lực lượng hải quan. Có hiện tượng doanh nghiệp chuyển hướng xin xuất trả hàng với lý do phía nước ngoài gửi nhầm nếu có dấu hiệu vi phạm bị cơ quan hải quan phát hiện. Việc xác lập hành vi vi phạm đối với các trường hợp này rất phức tạp, mất thời gian và việc xử phạt còn nhẹ và có phần chưa nghiêm, do vậy dễ bị các doanh nghiệp lợi dụng.
Cảng Cát Lái là đầu mối nhận hàng từ nước ngoài nhập vào Việt Nam, sau đó chuyển một phần đến các cảng đích, cũng như nhận hàng xuất từ các cảng trong nội địa chuyển đến để đưa xuống tàu xuất đi nước ngoài. Thời gian qua một số doanh nghiệp đã nghiên cứu sơ hở trong công tác phối hợp, bàn giao giữa các đơn vị để thực hiện hành vi đánh tháo hàng hóa nhập khẩu hoặc xuất khẩu hàng hóa chưa làm thủ tục hải quan.
Theo ông Huỳnh Sơn Tùng - Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 thì tính đến thời điểm hiện tại trong 8 tháng đầu năm, số lượng vi phạm của các Chi cục có tăng lên, từ 1/1/2012 đến tháng 8/2012 số vụ vi phạm là 434 vụ với tổng tiền phạt trên 1 tỷ đồng. Còn sang năm 2013 tính đến thời điểm hiện tại thì số vụ vi phạm là 920 vụ với tổng tiền phạt khoảng 1 tỷ 160 triệu. Nếu xét trị giá thì năm ngoái tuy số lượng ít hơn với 434 vụ nhưng trị giá hàng vi phạm là 66 tỷ, trong khi số lượng năm nay tăng lên là 920 nhưng trị giá hàng vi phạm chỉ có 61 tỷ. Trong gian lận thương mại, ông Sơn Tùng cho biết một vài vụ vi phạm điển hình: "Vào ngày 6/5, công ty Nam Việt khai báo mặt hàng đèn các loại, với thuế nhập khẩu 0% trên thực tế cũng là đèn nhưng mà chức năng đèn không như khai báo, tức là đúng tên nhưng áp mã sai thì sau khi kiểm tra phát hiện số thuế truy thu thuế nhập khẩu khoảng 246 triệu, VAT là 25 triệu. Còn ngày 8/7 công ty Kim Long khai báo vỏ xe ô tô số lượng 247 bộ, trên thực tế đúng là vỏ xe ô tô nhưng số lượng là 514 bộ, tức là khai đúng mặt hàng nhưng gian lận về số lượng hàng, sau khi phát hiện truy thu thuế nhập khẩu hơn 161 triệu, VAT hơn 80 triệu... đó là những vụ điển hình gần đây nhất".
Còn đối với khu vực Tân Cảng, theo bà Phạm Thị Lèo - Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu Tân Cảng có nhiều dạng gian lận thương mại khác nhau như là khai báo sai tên hàng, số lượng thừa khai so với khai báo, hoặc mã HS, mã số thuế không đúng, còn buôn lậu thì tại Tân Cảng thì chưa thấy vụ nào. So với năm trước thì không tăng không giảm nhưng số tiền phạt có tăng hơn, từ đầu năm 2013 đến giờ Hải quan Tân Cảng phát hiện được 18 vụ gian lận thương mại, thì trong 9 vụ mà thẩm quyền xử phạt của cấp Chi cục số tiền phạt thu được khoảng 107 triệu đồng, trị giá hàng vi phạm khoảng hơn 4 tỷ, còn 9 vụ chuyển lên Cục Hải quan TPHCM xử phạt với 759 triệu đồng, và tổng trị giá hàng vi phạm là hơn 3 tỷ đồng. Bà Phạm Thị Lèo cho biết về một vụ gian lận lớn nhất được phát hiện từ đầu năm cho đến nay: "Trong lĩnh vực gian lận thương mại thì ngoài việc khai sai thì còn có việc nhập khẩu mặt hàng cấm, tức là hàng đã qua sử dụng, dạng hàng tiêu dùng, cụ thể nhập loa, thùng ampli ...khai là hàng mới nhưng khi kiểm tra thì đã qua sử dụng, đối với hàng loa, ampli, bộ khuyếch đại nằm trong danh mục cấm nhập, có khoảng 34 mục đã qua sử dụng, lô này trị giá hàng vi phạm là gần 2,5 tỷ, trường hợp này là phạt 1 lần thuế và tịch thu hàng vi phạm, thì số tiền phạt khoảng 1,5 tỷ, cho nên lô hàng này ngoài bị xử phạt về nhập hàng cấm thì hàng bị tịch thu toàn bộ, đây là vụ lớn nhất từ đầu năm đến giờ".
Hải quan tại các cửa khẩu cảng biển đã có nhiều biện pháp đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại, tổ chức thực hiện phối hợp với các lực lượng hữu quan trên địa bàn để quản lý chặt chẽ hàng hóa xuất nhập khẩu, giám sát hàng hóa ra vào cổng, nêu cao tinh thần cảnh giác, kịp thời phát hiện và ngăn chặn hành vi đánh tháo hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hàng hóa chưa làm thủ tục hải quan. Hải quan đã triển khai đưa các máy soi container vào hoạt động để góp phần hiệu quả trong công tác đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại. Từ kết quả soi chiếu bí mật, thời gian qua, lực lượng hải quan cửa khẩu tại cảng biển đã phát hiện và ngăn chặn nhiều vụ vận chuyển, buôn lậu hàng hóa trái phép mà doanh nghiệp đã dùng các thủ đoạn hành vi tinh vi để hòng qua mặt lực lượng hải quan, điển hình như vụ việc vận chuyển trái phép xe ô tô, ngà voi... để lẫn trong hàng hóa nhập khẩu.