Báo cáo chỉ rõ nhiều vi phạm tài chính, tiến độ thi công chậm kéo dài, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 1.254 tỷ đồng.
Trong kết luận thanh tra, một nội dung gây chú ý là việc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm tạm ứng hơn 185 tỷ đồng cho Công ty Cổ phần Hồng Hà để thực hiện gói thầu XDVD-01. Tuy nhiên, thay vì sử dụng đúng mục đích, công ty này đã mang 145 tỷ đồng gửi tiết kiệm tại Ngân hàng Quân đội - chi nhánh Thanh Xuân (Hà Nội).
Ngày 24/11/2015, Ban Quản lý có văn bản yêu cầu phong tỏa hợp đồng tiền gửi, đồng thời yêu cầu tất toán và chuyển toàn bộ gốc và lãi về tài khoản tạm ứng. Tuy nhiên, chỉ khoảng hai tuần sau, ngày 9/12/2015, ban này lại gửi văn bản đề nghị ngân hàng giải tỏa tài khoản bị phong tỏa.

Cho đến nay, cơ quan thanh tra khẳng định vẫn chưa nhận được báo cáo xử lý dứt điểm vụ việc này từ phía Ban Quản lý dự án.
Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện nhiều hóa đơn giá trị gia tăng của các nhà thầu không trùng khớp với thời điểm nghiệm thu khối lượng công việc, trái với quy định tại Thông tư 39/2014 và Thông tư 219/2013 của Bộ Tài chính.
Cả hai dự án đều được khởi công từ năm 2015 và cơ bản hoàn thành phần xây dựng vào cuối năm 2020. Tuy nhiên, từ tháng 1/2021 đến nay, các hạng mục còn lại bị dừng thi công hoàn toàn.
Tại dự án cơ sở 2 Bệnh viện Bạch Mai, các khối công trình do ba tổng công ty thi công đều ghi nhận chậm tiến độ nghiêm trọng:
Tổng Công ty 36 phụ trách khối kỹ thuật nghiệp vụ: chậm 89 ngày ở phần cọc, 359 ngày ở phần kết cấu thân, 2.903 ngày ở phần kiến trúc và 2.923 ngày ở hệ thống điện, cấp thoát nước.
Tổng Công ty Thành An thi công khối khám và điều trị ban ngày: phần cọc chậm 44 ngày, kết cấu thân chậm 202 ngày, phần kiến trúc chậm 2.939 ngày và điện, cấp thoát nước chậm 3.233 ngày.
Tổng Công ty 319 thi công khối nội trú: phần kiến trúc chậm 1.210 ngày, hệ thống điện nước chậm 504 ngày.
Tại dự án cơ sở 2 Bệnh viện Việt Đức, liên danh nhà thầu Tổng Công ty Xây dựng Hà Nội - CTCP và Công ty Hồng Hà cũng không hoàn thành đúng cam kết: Phần cọc thi công chậm 25 ngày. Kết cấu móng và tầng hầm chậm tới 494 ngày. Kết cấu phần thân chậm 501 ngày. Kiến trúc hoàn thiện chậm 952 ngày. Hệ thống điện nước chậm 568 ngày.
Ngoài ra, các hạng mục lắp đặt thiết bị còn lại cũng chậm đáng kể so với tiến độ được phê duyệt trong hồ sơ dự thầu.
Từ năm 2016 đến hết 2024, Ban Quản lý dự án không có báo cáo định kỳ về tình hình sử dụng và thu hồi vốn tạm ứng. Việc thi công dở dang và kéo dài khiến các cơ sở bệnh viện hiện tại không thể đưa vào sử dụng, gây lãng phí lớn về ngân sách và hạ tầng y tế.
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị xử lý trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân liên quan và yêu cầu rà soát, khắc phục triệt để các tồn tại để bảo vệ hiệu quả đầu tư công trong lĩnh vực y tế.