Ông Tùng bị bắt để điều tra về tội "lạm quyền trong khi thi hành công vụ". Dấu hiệu sai phạm của ông Trần Thanh Tùng được phát hiện sau một cuộc thanh tra và kết luận từ tháng 6/2022.
Thời điểm đó, UBND thị xã Ninh Hòa công bố kết luận thanh tra theo đơn kiến nghị một số nội dung trong công tác cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (sổ đỏ) của UBND phường Ninh Hải.

Theo kết luận thanh tra, ngày 6/6/2017, từ đề nghị của UBND phường Ninh Hải, UBND thị xã Ninh Hòa đã cấp sổ đỏ tổng diện tích 14.238m², loại đất trồng cây lâu năm, cho bà T.T.X. ở phường này.
Sau khi được cấp sổ đỏ, ngày 15/6/2017, bà X. làm thủ tục tách thửa đất nêu trên thành thửa 420 (diện tích 7.000m²) và thửa 421 (diện tích 7.238m²).
Đầu tháng 7/2017, bà X. chuyển nhượng thửa đất số 421 cho ông Trần Thanh Tuấn (thường trú phường Ninh Hải, con trai ông Trần Thanh Tùng). Đến đầu tháng 8/2017, UBND thị xã Ninh Hòa cấp sổ đỏ thửa đất trên cho ông Tuấn.
Thanh tra thị xã Ninh Hòa phát hiện người thực hiện chứng thực hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất giữa bà T.T.X. và ông Trần Thanh Tuấn vào ngày 6/7/2017 là ông Trần Thanh Tùng, lúc này là phó chủ tịch UBND phường Ninh Hải.
Theo kết luận thanh tra, vào thời điểm ký chứng thực hợp đồng chuyển nhượng nêu trên, ông Tùng không được UBND phường Ninh Hải phân công nhiệm vụ chứng thực, mà nhiệm vụ đó được phân công cho một phó chủ tịch phường khác.
Sau khi phát hiện vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự về tội "lạm quyền trong khi thi hành công vụ", UBND thị xã Ninh Hòa đã chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra đề nghị thụ lý theo thẩm quyền