Các bị can bị đề nghị truy tố về các tội danh lừa đảo chiếm đoạt tài sản; lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản; vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới;
Sản xuất hàng giả; buôn lậu; nhận hối lộ; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí…
Trong số các bị can bị truy tố có nhiều lãnh đạo, cán bộ của Cục Thuế TPHCM như Nguyễn Thị Bích Hạnh (Phó Cục trưởng Cục Thuế TPHCM); Phạm Minh Tuấn (cựu Trưởng phòng Kê khai kế toán thuế); Cao Văn Tỵ (Trưởng phòng Thanh tra kiểm tra thuế số 5);
Nguyễn Xuân Thắng (Trưởng phòng Kiểm tra nội bộ); Đào Thị Nga (cán bộ Chi Cục thuế quận 1), Nguyễn Phương Nam (cán bộ Chi Cục thuế quận 3); Ngô Huỳnh Lũy (cán bộ Chi Cục thuế quận 5)…
Theo cáo trạng, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng (sinh năm 1974, được xác định là người cầm đầu, đang bị truy nã) chỉ đạo các đồng phạm thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hóa, phần lớn là các công ty “ma”.
Từ tháng 2/2018 đến tháng 6/2019, Dũng chỉ đạo thuộc cấp móc nối với cán bộ, lãnh đạo Công ty Thuduc House lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài.
Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỷ đồng), thuế giá trị gia tăng hàng xuất khẩu bằng 0%.
Công ty Thuduc House lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá hơn 4.000 tỷ đồng rồi lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TPHCM đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hơn 365 tỷ đồng.
Cục Thuế TPHCM ban hành 17 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng cho Công ty Thuduc House với số tiền trên.
Các bị can tại Cục Thuế TPHCM không tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế, quy trình trong việc xét duyệt, thẩm định hoàn thuế GTGT, không đối chiếu số liệu, không báo cáo dấu hiệu bất thường trong các bộ hồ sơ, không tổ chức thanh tra để phát hiện sai phạm.
Các hành vi này dẫn đến việc hoàn thuế không đúng, gây thất thoát cho nhà nước hơn 365 tỷ đồng.