Trong quá khứ, Rafael da Silva từng có nhiều năm khoác áo MU. Hậu vệ người Brazil cũng từng cùng Quỷ đỏ giành những danh hiệu lớn. Khi Sir Alex Ferguson còn tại vị, ông đánh giá cao cầu thủ sinh năm 1990 và thường xuyên trao cơ hội cho anh. Mùa hè năm 2012, Rafael da Silva được lựa chọn để kế thừa chiếc áo số 2 do huyền thoại Gary Neville để lại.
Tuy nhiên, khi Sir Alex giải nghệ, Louis van Gaal dẫn dắt MU, ông không đánh giá cao tài năng của hậu vệ này và đẩy anh tới Lyon vào năm 2015. Trong màu áo "sư tử sông Rhones", Rafael da Silva vẫn thể hiện được khả năng của mình. Trong 5 năm qua anh chơi rất tốt và đóng góp khá nhiều vào lối chơi của đội bóng nước Pháp.
Tuy nhiên, mùa giải vừa qua cựu cầu thủ MU đã không còn được trọng dụng. Anh đã đánh tiếng muốn rời đi qua đó được thi đấu nhiều hơn. Mới nhất, Hậu vệ người Brazil Rafael da Silva đã đồng ý gia nhập Istanbul Basaksehir sau khi nói lời chia tay với Lyon.
Trang chủ của Istanbul Basaksehir xác nhận, Rafael da Silva đã đồng ý chuyển đến Fatih Terim Stadium chơi bóng. Bản hợp đồng giữa 2 bên có thời hạn 2 năm, kèm theo điều khoản gia hạn thêm 1 năm. Tại đội bóng mới, Rafael sẽ mang áo số 4.
