Tuy nhiên, báo cáo tổng kết cũng đánh giá còn những khó khăn khi thực hiện chương trình này như Nghị định 55 của Chính phủ qui định 14 sở - ngành thành phố phải có phòng Pháp chế. Song, Nghị định 24 của Chính phủ và thông tư liên tịch các Bộ ngành với Bộ Nội vụ lại không qui định các sở phải có phòng Pháp chế.
Ngoài ra, vấn đề đội ngũ làm công tác pháp chế thường xuyên bị thay đổi, kinh phí cho công tác xây dựng văn bản qui phạm pháp luật còn thấp… là những khó khăn cho việc thực hiện chương trình.
Phát biểu chỉ đạo tại hội nghị, Phó chủ tịch UBND TP Lê Thanh Liêm đánh giá cao kết quả đạt được của công tác ban hành văn bản qui phạm pháp luật cũng như đội ngũ làm công tác xây dựng ban hành văn bản qui phạm pháp luật của TP trong những năm qua đã góp phần hoàn thiện cho hệ thống văn bản qui phạm pháp luật.
Ông Liêm cũng cho biết TPHCM đã có văn bản gửi Bộ Tư pháp để điều chỉnh việc trái nhau giữa 2 Nghị định 55 và 24 về tổ chức phòng Pháp chế ở sở - ngành.
Phó chủ tịch UBND TP đề nghị các quận - huyện đơn vị cần quan tâm hơn nữa đến công tác chỉ đạo ban hành văn bản qui phạm pháp luật trong lĩnh vực mình phụ trách, quan tâm đến công tác tổ chức đội ngũ làm công tác pháp chế, có kế hoạch chấm dứt việc còn “nợ đọng“ trong việc ban hành các văn bản qui phạm pháp luật.