Đặc biệt là các quy định liên quan đến cơ chế hoàn thuế và phạm vi chịu thuế đối với nhóm hàng nông, lâm, thủy sản.
Sau hơn 3 tháng Luật Thuế GTGT 2024 có hiệu lực, nhiều hiệp hội ngành hàng như thủy sản, cà phê, hồ tiêu, chăn nuôi, lương thực – thực phẩm, gỗ và lâm sản phản ánh những khó khăn lớn đang phát sinh, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và thị phần xuất khẩu của doanh nghiệp Việt Nam.
Theo Luật mới, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” chịu thuế suất 5%. Tuy nhiên, thực tế các mặt hàng như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu... chủ yếu chỉ qua công đoạn sơ chế như bóc vỏ, sấy, xát, phơi — không làm phát sinh giá trị tăng thêm thực chất.
VCCI cho rằng việc áp thuế GTGT 5% với nhóm hàng này không phù hợp bản chất của thuế giá trị gia tăng, vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất, kinh doanh.
Đáng chú ý, cơ chế “thu trước – hoàn sau” đang khiến doanh nghiệp phải ứng trước lượng vốn lớn để nộp thuế, trong khi biên lợi nhuận chỉ 1–3%. Ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỉ đồng thuế GTGT mỗi năm, ngành hồ tiêu phải ứng trước khoảng 85 triệu USD. Cơ chế này làm tăng giá thành, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với Brazil, Indonesia, Ấn Độ, nơi nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.
Thủ tục hoàn thuế hiện còn phức tạp và kéo dài, nhiều doanh nghiệp phản ánh bị chậm hoàn, thậm chí bị từ chối, dù hồ sơ hợp lệ. Quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế thì bên mua mới được hoàn thuế, bị đánh giá là bất hợp lý vì chuyển trách nhiệm của người bán sang người mua.
Ngoài ra, các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba cũng gặp vướng mắc do thiếu hợp đồng, chứng từ truyền thống, trong khi chưa được phép sử dụng dữ liệu số hay hóa đơn điện tử để xác minh giao dịch, khiến nhiều trường hợp không được hoàn thuế dù hàng hóa đã xuất khẩu hợp pháp.
VCCI kiến nghị xây dựng cơ chế hoàn thuế tự động đối với hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, tương tự mô hình đang áp dụng tại Ấn Độ, đồng thời phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để xác thực nhanh chóng, chính xác.
VCCI cũng đề nghị loại bỏ điều kiện hoàn thuế phụ thuộc vào việc kê khai của nhà cung cấp, khẳng định trách nhiệm quản lý nghĩa vụ thuế thuộc về cơ quan thuế, không thể chuyển rủi ro sang người mua.
Bên cạnh đó, cần cho phép sử dụng chứng từ điện tử và dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh hoàn thuế xuất khẩu.
VCCI còn kiến nghị giảm mức xử phạt với sai sót kỹ thuật, hành chính như chậm kê khai, sai mã hợp đồng — hiện bị phạt từ 5 đến 8 triệu đồng — và áp dụng cơ chế khoan hồng với vi phạm lần đầu, miễn phạt cho sai sót nhỏ dưới 50.000 đồng để khuyến khích tuân thủ tự nguyện.

