Chiều 26/11, với đa số phiếu tán thành, Quốc hội thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng (VAT) sửa đổi.
Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính Ngân sách của Quốc hội Lê Quang Mạnh trước đó đã trình bày báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự luật này.
Theo ông Mạnh, có nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế 5% đối với phân bón. Một số ý kiến đề nghị giữ như quy định hiện hành; có ý kiến đề nghị áp dụng thuế suất 0% hoặc 1%, 2%.
Ông Mạnh cho hay: "Nếu áp dụng thuế suất 5%, các đơn vị nhập khẩu phân bón sẽ phải nộp vào ngân sách 1.500 tỷ đồng thuế VAT từ khâu nhập khẩu (lấy theo kim ngạch nhập khẩu 2023).
Kim ngạch phân bón nhập khẩu sẽ có xu thế giảm do áp dụng thuế VAT 5%, dẫn đến số thu thực tế vào ngân sách cũng sẽ thấp hơn con số 1.500 tỷ đồng.

Cũng theo ông Mạnh, số thuế VAT thu được từ phân bón nhập khẩu sẽ còn phải bù trừ với phần thuế VAT, và còn phải hoàn cho doanh nghiệp trong nước nên tác động tăng thu ngân sách do áp dụng thuế VAT 5% không đáng kể và nếu có cũng sẽ thấp hơn nhiều so với con số 1.500 tỷ đồng.
Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính Ngân sách của Quốc hội chi biết, số tiền ngân sách thu được vào sẽ không chuyển hoàn toàn vào giá bán để tạo gánh nặng cho người nông dân, vì nông dân có thể lựa chọn mua phân bón sản xuất trong nước có giá rẻ hơn thay vì mua phân bón nhập khẩu.
Các đơn vị nhập khẩu sẽ phải cân đối giá bán một cách hài hòa với mặt bằng chung trên thị trường trong nước để bảo đảm khả năng tiêu thụ.

Về ý kiến đề xuất đưa phân bón vào diện áp dụng thuế suất VAT 0% (hoặc 1%, 2%), Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính, Ngân sách nói đúng như ý kiến của đại biểu, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì đều sẽ được hoàn thuế VAT đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế VAT đầu ra.
Tuy nhiên, trong trường hợp này, hàng năm Nhà nước sẽ phải bỏ ngân sách để hoàn thuế cho các doanh nghiệp.
Ngoài yếu tố bất cập đối với ngân sách nhà nước, việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với nguyên tắc, thông lệ của thuế VAT là thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước.
"Việc áp dụng theo hướng này sẽ phá vỡ tính trung lập của chính sách thuế, tạo tiền lệ xấu và không công bằng với các ngành sản xuất khác. Nếu quy định thuế suất 1% hoặc 2% đối với phân bón cũng không phù hợp với mục tiêu cải cách thuế VAT, ông Mạnh nói.
Để thể hiện đúng quan điểm của Quốc hội trong việc xử lý vấn đề trên, ngày 26/1/.2024, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi xin ý kiến đại biểu Quốc hội về 2 phương án. Một là áp thuế suất 5%, hai là giữ nguyên như quy định hiện hành.
Qua tổng hợp ý kiến cho thấy, 72,67% tổng số đại biểu Quốc hội cho ý kiến tán thành với đề nghị của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và Chính phủ theo hướng quy định thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản.
Luật này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025, trừ một số trường hợp khác.