Việc dừng tuyển sinh lớp 6 của Trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam được thực hiện theo quy định tại thông tư 05/2023/TT-BGDĐT ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường THPT chuyên, chỉ tổ chức lớp chuyên trong trường THPT chuyên.
Từ năm học 2024 - 2025 sẽ không còn các lớp không chuyên trong trường THPT chuyên. Những lớp không chuyên đã tuyển sinh từ các năm học trước sẽ tiếp tục dạy học cho tới khi hết cấp học.
Hệ THCS của Trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam duy trì được gần 30 năm qua và là một trong những cơ sở có chất lượng giáo dục tốt. Hằng năm, việc tuyển sinh lớp 6 của trường này đều được đông đảo phụ huynh quan tâm và luôn trong tình trạng quá tải. Mỗi năm chỉ tiêu tuyển sinh chỉ có 200 học sinh nhưng thường có khoảng 3.000 hồ sơ đăng ký dự tuyển.
Theo đánh giá của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội, hệ trung học cơ sở của trường đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ là hệ tạo nguồn chủ yếu cho các lớp chuyên trung học phổ thông chuyên đạt thành tích xuất sắc trong các kỳ thi học sinh giỏi quốc gia và quốc tế.
