Theo kế hoạch trước đó, lịch thu hồ sơ đăng ký khảo sát vào lớp 6 trường này thực hiện từ ngày 31/5 đến 4/6/2021. Tuy nhiên, nhằm đảm bảo các quy định về công tác phòng dịch Covid-19, nhà trường hoãn lịch nộp hồ sơ theo kế hoạch ban đầu. Nhà trường cho biết lịch nộp hồ sơ sẽ được thông báo sau khi có chỉ đạo của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố.
Đối tượng dự tuyển vào lớp 6 của Trường THPT Chuyên Trần Đại Nghĩa là học sinh đã hoàn thành chương trình cấp tiểu học tại TPHCM và có điểm bài kiểm tra định kỳ cuối năm học lớp 5 mỗi môn tiếng Việt và Toán đạt từ 9 điểm trở lên.
Để đăng ký dự tuyển, học sinh sẽ nộp phiếu đăng ký dự khảo sát (theo mẫu do trường phát hành), 2 ảnh 3 x 4 cm, bản sao hợp lệ học bạ lớp 5.
Trường THPT Chuyên Trần Đại Nghĩa là trường duy nhất tại TP.HCM được khảo sát đầu vào lớp 6. Năm học 2021-2022, nhà trường tuyển 535 học sinh lớp 6 với 15 lớp. Theo kế hoạch của Sở Giáo dục và Đào tạo, ngày 12/6, thí sinh đủ điều kiện dự khảo sát sẽ thực hiện bài khảo sát bằng tiếng Anh trong thời gian 90 phút. Cũng theo kế hoạch này, ngày 17/6, trường sẽ công bố kết quả dự khảo sát.
Hằng năm, hồ sơ dự khảo sát vào trường khoảng 4.000 hồ sơ. Điểm khảo sát căn cứ vào kết quả bài khảo sát xét từ cao xuống thấp cho đến khi đủ chỉ tiêu.
Những học sinh không trúng tuyển vào lớp 6 của trường vẫn được xét tuyển lớp 6 theo quy định của Ban chỉ đạo tuyển sinh quận, huyện.
Trước đó, với tình hình diễn biến phức tạp của dịch bệnh, Thành phố đã hoãn kỳ thi tuyển sinh lớp 10. Theo kế hoạch, kỳ thi tuyển sinh lớp 10 của Thành phố diễn ra trong hai ngày 2 và 3/6 với hơn 83.300 thí sinh (gồm 6.700 thi vào lớp chuyên, 1.000 vào lớp tích hợp). Tổng chỉ tiêu của kỳ thi là 67.000.