Cụ thể, các khu vực được gỡ bỏ hạn chế bao gồm: Km 60+600 sông Lô (huyện Đoan Hùng, tỉnh Phú Thọ) có đường điện vượt sông; cầu Đáp Cầu, cầu Hồ (tỉnh Bắc Ninh), cầu đường sắt Cẩm Lý, cầu đường sắt Bắc Giang (tỉnh Bắc Giang), cầu đường sắt Đa Phúc (qua địa bàn thành phố Hà Nội và tỉnh Thái Nguyên), cầu Đoan Vĩ, cầu Bồng Lạng, và cầu treo Nam Công (tỉnh Hà Nam).
Chi cục yêu cầu tất cả các phương tiện thủy khi đi qua các khu vực trên phải tuân thủ nghiêm ngặt sự hướng dẫn của lực lượng chức năng, đồng thời chú ý đến hệ thống báo hiệu và điều tiết để đảm bảo an toàn giao thông đường thủy nội địa.
Trước đó, do ảnh hưởng của bão số 3 và mưa lũ làm nước dâng cao, Chi cục đã hạn chế giao thông tại 51 vị trí để đảm bảo an toàn cho công trình và các phương tiện di chuyển. Đến ngày 16/9, đã có 41/51 vị trí được dở bỏ hạn chế.