Năm 1506, Columbus qua đời tại Valladolid - Tây Ban Nha, ông đã yêu cầu được chôn cất trên đảo Hispaniola (ngày nay cùng thuộc Haiti và Cộng hòa Dominica). Sau nhiều lần di dời hài cốt giữa các quốc gia và thành phố, câu hỏi về nơi an nghỉ cuối cùng của Columbus đã trở thành một bí ẩn lớn.
Ngày 10/10/2024, sau hơn 20 năm nghiên cứu, chuyên gia pháp y José Antonio Lorente từ Đại học Granada đã xác nhận rằng bộ hài cốt tại nhà thờ Seville là của Columbus.
Năm 2003, nhóm nghiên cứu đã mở ngôi mộ tại nhà thờ nhưng thời đó công nghệ chưa đủ tiên tiến để đưa ra kết luận chính xác.
Đến nay, cuộc nghiên cứu ADN so sánh hài cốt của Columbus với ADN của anh em ông, Diego và con trai Fernando, đã đưa ra kết quả chắc chắn nhờ vào những tiến bộ công nghệ hiện đại.
Tuy nhiên, Lorente cũng nhận định rằng một phần hài cốt của Columbus có thể vẫn nằm tại vùng Caribe.
Cuộc khai quật tại nhà thờ Santo Domingo, Cộng hòa Dominica năm 1877 đã phát hiện một hộp nhỏ chứa hài cốt với dòng chữ "Người đàn ông nổi tiếng và ưu tú, Christopher Columbus". Hài cốt này hiện được chôn ở đài tưởng niệm Faro a Colón (Hải đăng Columbus Lighthouse) tại Santo Domingo Este.
Ngoài ra, công nghệ ADN hiện đại còn giúp giải quyết tranh cãi lâu đời về nguồn gốc quốc tịch của Columbus. Mặc dù nhiều giả thuyết cho rằng ông sinh ra ở Genoa, Italy, nhưng cũng có quan điểm cho rằng ông là người Ba Lan, Tây Ban Nha, Scotland hoặc Do Thái.
Tuy nhiên, Lorente và nhóm nghiên cứu của ông tin rằng Columbus có nguồn gốc từ Tây Âu, có thể là Valencia, Tây Ban Nha.