Trong quá trình mở rộng điều tra, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam, và lệnh khám xét đối với 5 bị can về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Trong số các bị can bị khởi tố và bắt tạm giam có ông Nguyễn Linh Ngọc, nguyên Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường. Cùng với ông Ngọc, các bị can khác bao gồm:
Nguyễn Văn Thuấn, nguyên Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.
Hoàng Văn Khoa, nguyên Vụ trưởng Vụ Khoáng sản, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.
Hồ Đức Hợp, Giám đốc Sở Tài nguyên - Môi trường tỉnh Yên Bái.
Lê Công Tiến, Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái.
Ngoài ra, hai bị can khác bị khởi tố, cấm đi khỏi nơi cư trú và khám xét bao gồm:
Bùi Đoàn Như, nguyên Trưởng phòng Khoáng sản, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái.
Lê Duy Phương, nguyên Chuyên viên chính Vụ Khoáng sản, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản.
Các bị can bị truy tố về các tội danh bao gồm: "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên", "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng", "Buôn lậu", "Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có", và "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo quy định tại Khoản 3 Điều 219 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao (Vụ 5) phê chuẩn, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đã phối hợp với các đơn vị liên quan tổ chức thi hành các quyết định và lệnh tố tụng đối với các bị can này, đảm bảo đúng quy định của pháp luật.
Hiện nay, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đang tập trung lực lượng để củng cố tài liệu, chứng cứ về hành vi phạm tội của các bị can, đồng thời mở rộng điều tra đối với các đối tượng liên quan để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật. Bên cạnh đó, cơ quan chức năng cũng tiến hành rà soát, xác minh và triệt để thu hồi tài sản cho Nhà nước.