Theo cáo trạng, tổng thiệt hại trong vụ án lên tới hơn 742 tỷ đồng, trong đó bao gồm 62 tỷ đồng thuế giá trị gia tăng và 680 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp.
Các bị can bị truy tố bao gồm 6 người về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", trong đó có Nguyễn Đăng Thuyết, Tổng Giám đốc Công ty Thành An Hà Nội (hiện đang bỏ trốn) và Nguyễn Thị Hòa, Giám sát kế toán của ba doanh nghiệp liên quan (cũng đang bỏ trốn).
32 người còn lại bị truy tố về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước".
Theo cáo trạng, các công ty liên quan bao gồm Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Công ty TNHH Thiết bị y tế Danh và Công ty TNHH Thiết bị y tế Tràng Thi đã sử dụng hơn 19.000 hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào, dẫn đến việc làm giảm số thuế phải nộp cho Nhà nước, gây thiệt hại hơn 62 tỷ đồng.
Đối với thuế thu nhập doanh nghiệp, các công ty này cũng đã sử dụng hóa đơn khống, không có hàng hóa hoặc dịch vụ kèm theo, để hạch toán chi phí và giảm số thuế phải nộp, gây thiệt hại hơn 680 tỷ đồng.
Nguyễn Đăng Thuyết, bị can chủ mưu trong vụ án, đã chỉ đạo các công ty lập hai hệ thống sổ kế toán song song trên phần mềm FAST nhằm mục đích trốn thuế.
Cơ quan điều tra đã phát lệnh truy nã đối với Thuyết và Hòa, kêu gọi các bị can này ra đầu thú để được hưởng chính sách khoan hồng và hợp tác điều tra.
Trong trường hợp các bị can không ra trình diện hoặc đầu thú, cơ quan điều tra sẽ tiếp tục tiến hành truy tố và xét xử theo quy định của pháp luật, đồng thời họ sẽ từ bỏ quyền tự bào chữa trong suốt quá trình điều tra và xét xử.