Cụ thể, tại cơ sở 1 đường Nguyễn Chí Thanh, Quận 5, trường tuyển 390 chỉ tiêu. Trong đó, tuyển 245 học sinh cho 7 lớp chuyên Toán, Tin học, Vật lý, Hoá học, Sinh học, Tiếng Anh và Ngữ văn (mỗi lớp không quá 35 học sinh); 145 học sinh cho các lớp không chuyên.
Tại cơ sở 2 trong Khu đô thị Đại học Quốc gia TPHCM, Thành phố Thủ Đức, trường tuyển 210 chỉ tiêu cho 6 lớp chuyên Toán, Vật lý, Hoá học, Sinh học, Tiếng Anh và Ngữ văn (mỗi lớp không quá 35 học sinh).
Trường Phổ thông Năng khiếu thuộc Đại học Quốc gia TPHCM được thành lập vào năm 1996. Chế độ học phí và học bổng đối với học sinh nhà trường được thực hiện theo các quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo đối với học sinh khối chuyên thuộc các trường đại học: học sinh có hạnh kiểm tốt, học lực giỏi và điểm môn chuyên đạt từ 8.5 trở lên được xét cấp học bổng. Ngoài ra, học sinh của Trường Phổ thông Năng khiếu - đơn vị trực thuộc Đại học Quốc gia TPHCM cũng được hưởng tất cả các quyền lợi như sinh viên chính quy của các trường đại học thành viên.
Sau 25 năm hoạt động, Trường đã có nhiều học sinh đạt kết quả xuất sắc ở các kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia và Olympic quốc tế. Nhiều nhà khoa học trẻ có năng lực, trình độ cao xuất thân từ Trường đang công tác tại các trường đại học, viện nghiên cứu.
Kỳ thi tuyển sinh lớp 10 năm học 2021 - 2022 sẽ diễn ra vào ngày 2 - 3/6 với 2 điểm mới là thay đổi hệ số 3 bài thi và điều chỉnh số câu hỏi, thời lượng làm bài môn ngoại ngữ.
