Cuộc bầu mới Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam đã vi phạm nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Hiệp hội Lương thực Việt Nam; vi phạm quy định về quyền hạn và nhiệm vụ của Ban Chấp hành của Hiệp hội Lương thực Việt Nam theo Điều lệ Hiệp hội Lương thực Việt Nam sửa đổi năm 2012.
Cụ thể vi phạm về nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Hiệp hội Lương thực Việt Nam là vi phạm tính dân chủ, bình đẳng, công khai, minh bạch, không tuân thủ theo Điều 11 của Điều lệ Hiệp hội Lương thực Việt Nam sửa đổi năm 2012. Các phản ánh của ủy viên Ban chấp hành là thiếu tính dân chủ, công khai, minh bạch vì không được lấy ý kiến đề xuất giới thiệu ông Nguyễn Hùng Linh làm Chủ tịch mới của Hiệp hội Lương thực Việt Nam với Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn mà do 5/6 người của Ban Thường trực Hiệp hội Lương thực Việt Nam làm văn bản đề nghị giới thiệu.
Vi phạm tiếp theo là vi phạm quy định về quyền hạn và nhiệm vụ của Ban Chấp hành theo Điểm 4 Điều 14 của Điều lệ Hiệp hội Lương thực Việt Nam sửa đổi năm 2012. Đó là các quyết định và nghị quyết của Ban Chấp hành Hiệp hội Lương thực Việt Nam được thông qua bằng biểu quyết tán thành bằng phiếu bầu. Theo các ủy viên Ban chấp hành phản ánh, cuộc bầu cử không được chuẩn bị trước, không biểu quyết thành lập Tổ Thư ký triển khai quy chế bầu cử, không biểu quyết thành lập Tổ Kiểm phiếu, không có Biên bản kiểm phiếu, không biểu quyết hình thức biểu quyết kết quả bầu cử, không công khai sơ yếu lý lịch và các văn bản đồng ý của cơ quan có thẩm quyền với ông Nguyễn Hùng Linh theo quy định tại Điều 8 Thông tư 03 ngày 16/04/2013 của Bộ Nội vụ.
Hiệp hội Lương thực Việt Nam là một tổ chức xã hội nghề nghiệp, hoạt động theo Hiến pháp, Pháp luật và Điều lệ Hiệp hội Lương thực Việt Nam sửa đổi năm 2012. Mặc dù vậy, việc bầu ông Nguyễn Hùng Linh làm Chủ tịch mới của Hiệp hội Lương thực Việt Nam đang gây bức xúc cho nhiều hội viên vì các vi phạm Điều lệ Hiệp hội Lương thực Việt Nam sửa đổi năm 2012. Những tổ chức hiệp hội, hội ngành nghề nếu vi phạm nguyên tắc tổ chức và hoạt động, thiếu tính dân chủ, bình đẳng, công khai, minh bạch... sẽ là nguồn cơn gây bức xúc cho hội viên của mình cũng như dư luận xã hội.