Tại Hội nghị trực tuyến triển khai Nghị định quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục đại học – gọi tắt là Nghị định 99, do Bộ GD & ĐT vừa tổ chức, Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ gợi ý một số nhóm vấn đề quan trọng cần được thống nhất thực hiện.

Cụ thể, một là cơ cấu tổ chức nhà trường, thành lập trường đại học trong đại học, điều kiện để từ trường đại học sang đại học… Hai là, liên quan đến thiết chế đó là Hội đồng trường. Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ cho rằng, Hội đồng trường phải thực quyền, chỉ khi thực quyền thì Luật 34 và Nghị định 99 mới đi vào cuộc sống. Hiện nhiều Hội đồng trường chưa thực quyền nhưng khi luật hóa như hiện nay thì không thể còn tình trạng này. Cơ quan chủ quản tránh tình trạng can thiệp hành chính vào Hội đồng trường vì tính tự chủ, trách nhiệm giải trình đã được quy định rất rõ.  Theo Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ, tự chủ đại học là xu thế tất yếu. Trước đó, Chính phủ đã có nghị quyết cho thí điểm 23 cơ sở giáo dục đại học. Quá trình thực hiện cho thấy ưu điểm nổi trội của việc thực hiện tự chủ. Tự chủ đại học tuy không phải vấn đề mới về quan điểm, nhận thức nhưng lại mới về tổ chức thực hiện, nếu chúng ta không cùng nhau thống nhất nhận thức về quy định ở Luật 34 và Nghị định 99 sẽ dẫn đến cách hiểu và tổ chức khác nhau.